●明實錄閩海關係史料（二）
穆宗實錄
隆慶元年（五月、八月、十一月、十二月）
隆慶二年（正月、三月、七月、九月、十月、十一月、十二月）
隆慶三年（正月、二月、三月、五月、六月、七月、八月、十二月）
隆慶四年（正月、八月）
隆慶六年（二月、閏二月、三月、五月）
·〔隆慶元年五月己巳〕，以是年春汛福建擒斬倭賊功，賚巡撫塗澤民、總兵戚繼光及左布政使劉光濟銀、幣有差。
〔八月戊子〕，巡撫廣東都御史李佑奏：『嘉靖四十五年六月以來，海寇林道乾、梁有川等聚眾三千餘人，駕巨艦出入雷、瓊諸處；總兵湯克寬等前後與戰，計斬三百餘人，俘獲稱是：功宜褒錄。參將戴沖霄怯懦，宜罷』。得旨：佑及克寬等各賚銀、幣有差，沖霄革任。
〔十一月〕丁巳，命革廣東鎮守總兵官湯克寬任聽勘、巡撫都御史李佑戴罪供職、惠潮海防僉事蹇來譽調用；仍切責總督侍郎張瀚督率鎮、巡、兵備官亟行剿賊，以靖地方。先是，海賊吳平既遯，而餘黨曾一本突入海豐、惠來間為患，克寬倡議撫之。賊既就撫，乃從克寬乞潮陽下會地以居；仍令其黨一千五百人竄籍軍伍中，入則廩食於官、出則肆掠海上，又令鹽艘、商貨報水納稅：居民苦之。於是大家井民陳世業、余乾仁等因率眾叛，攻圍揭陽縣城；克寬乃調曾賊等兵屠之。撫、按李佑、王同道以疏聞，而曾賊所以激變大家井之民，惟同道疏及之；佑謂不然，且敘克寬功。越七月，曾賊亦叛，執澄海縣知縣張濬，焚殺潮郡居民數千人。撫、按復疏請兵，已有旨令克寬等各戴罪殺賊。至是，分守嶺東道參議陳紀以給由入京，具言曾賊必不可招。而兵科給事中歐陽一敬劾克寬奏：『克寬既不當招必叛之賊，以激變居民；及居民亂，又不當驅賊兵剿之：是克寬縱寇釀禍，其罪大。而蹇來譽同事阿比、李佑匿不以聞，亦當併論』。兵部覆從其言，故有是命。
〔丁丑〕，廣東巡撫都御史李佑奏：『七月中，滴水村居民林肆等獲漂流海賊張老者數人，聞於碣石衛掌印指揮李守京、巡捕指揮沈儞。守京、儞素貪，執之索賂；未幾，林道乾餘黨二百餘人乘夜入衛城，奪老等去。請置守京等於法；而海康寨把總王正中等督兵追剿殘寇不能盡力，以致貽患，亦當併論』。得旨：『正中等戴罪殺賊，守京等下巡按御史按問』。
〔十二月戊戌〕，先是，福建以廣寇充斥，議增設南澳參將一員兼統閩、廣兵船，駐大城所防剿。巡撫塗澤民以為閩、廣所憂不在將少，在所用不得其人；宜如舊便。又言：『閩中見任水陸諸將皆前任總兵戚繼光所儲選，以後乞就本省陞遷』。兵部覆奏，從之。
·〔隆慶二年正月戊寅〕，巡按廣東御史王同道以廣東群盜紛起，海寇曾一本、林道乾等尤肆猖獗；乃劾奏參將魏宗瀚、王如澄等逗兵玩寇，請治其罪，仍飭督、撫諸臣勉策後勳。上命奪宗瀚等職，令戴罪剿賊；仍命撫臣李佑等嚴督諸將亟為擒獲，以靖地方。
〔三月乙丑〕，初，廣東賊曾一本突至雷州，參將魏宗瀚、王如澄、繆印率舟師與戰，敗績；賊執印及把總俞尚志以去，官兵死者八百餘人。已而歸尚志，乞招撫。尋犯我師，戰數日，守備李茂材中砲死，我兵又敗。事聞，兵部覆言：『新任總兵郭成未至；而廣西總兵俞大猷素負威名，請令暫往視師。前總兵湯克寬等罪不止於革任，宜令戴罪立功。副使姚世熙等並宜議罰。宗瀚等宜充為事官，以圖後效』。上然之。命暫調大猷用，事寧回鎮；克寬立功贖罪，世熙等奪俸一月。促總督張瀚等速處兵糧，嚴督將領克期滅賊，以靖地方。
〔七月〕丁卯，福建巡撫都御史塗澤民、巡按御史王宗載劾奏行都司僉書、署都指揮僉事傅應嘉受賄縱海賊吳平，罪當斬。上命即其處會官斬之。
辛未，廣東盜曾一本以六月十一日寇省城，拒傷官軍於赤灣、東灞等處，殺聽調知縣劉師顏；撫、按以聞。得旨：『切責總督張瀚，令亟率鎮、巡等官悉力剿賊，以安地方。總兵俞大猷、郭成姑令住俸，立功贖罪。參將魏宗瀚、王如澄、把總俞尚志、朱相下巡按御史逮繫至京問』。
〔九月〕壬申，廣東巡按御史王同道覈上海寇曾一本犯省城守臣失事狀，總督張瀚亦具疏自劾。上以瀚任淺，姑令策勵自效；奪守巡僉事周舜岳、參政謝鵬舉及領哨都指揮白翰紀等俸三月，都指揮黃應甲、來熙、布政使熊汝達等俸二月；指揮趙升等下巡按御史逮問。
〔乙亥〕，總督兩廣軍務侍郎張瀚會巡撫廣東都御史熊桴奏：『廣東山寇七十二巢、海寇四種，而林道乾、曾一本最為陸梁；不一大創之，恐嶺南之亂終不能已。謹列具其事如左：一、申諭各官兵：凡陸地戰勝者，擒、斬仍依常格；若海上戰勝者，擒賊一名即賞銀四兩、斬首一級銀二兩，衝鋒雖無首級而能奪獲一舡者一百兩。其能斬獲曾一本、林道乾首惡者加賞銀一千兩，生擒者三千兩，仍陞實授一級。其兵卒臨陣退縮者，即斬首以徇；將領逗遛觀望如魏宗瀚、王如澄者，宜首正國法：以示勸懲。一、總兵郭成長於陸戰、俞大猷長於水戰，宜分地責成，俾無推諉；而分守惠潮及雷瓊廉參將，宜函行處補。一、全廣有官兵、鄉兵、狼兵、募兵、撫兵，又加以閩、浙之兵，多而不精，何以應率？近置水寨六所、練兵同知六員。宜候造舡剿賊之後，將舡兵分配六寨，有事聽調、無事聽練；同知不許謀管印信，把總不許他委避難。而巡海、海防、海南、海北兵備四道各給敕書，委以訓練之責，視其勤惰而賞罰之。一、惠、潮之間百姓傷殘特甚，或逃、或叛，里社為墟。乞將嘉靖四十三年以後帶徵起存錢糧，暫行停免；其被患尤慘者，臣等量行賑卹：庶孑遺之民猶有更生之望而喜於自新』。兵部覆議，從之。其議處分守一事，桴則恐侵總兵之權，欲以把總代之；瀚則謂雷、瓊、廉所屬地方遼遠，又瓊州孤懸海外、岐黎叛服不常，非參將不能彈壓。上兩是之，詔裁革惠潮參將耿宗元，而以浙江把總潘吉調補惠潮如桴言、以宗元補調雷瓊廉如瀚言。
〔十月庚辰〕，廣賊曾一本等突至南澳，窺福建玄鍾界；撫、按官塗澤民、王宗載疏請大征。上命兩省鎮、巡官協力夾剿，務期蕩滅；不得彼此推諉，以致滋蔓。
〔癸未〕，陞賞福建南澳、牛山等處有功官軍陳伯秀等二十七人。
〔十一月己巳〕，廣東巡撫都御史熊桴請會福建巡撫大剿海寇曾一本，並乞令川、浙亟償舊貸廣中軍餉銀兩以濟大征之用。兵部覆奏，上是之。命兩省督、撫諸臣將領遵照前旨刻期會剿，以靖地方；川、浙原貸銀兩，兵部即會同戶部各遣官守催解發，不許遲誤。
〔十二月辛卯〕，福建巡按御史王宗載奏：『十月中，福建海賊夜襲入大金千戶所城，焚掠而去』。上命奪分守參議李紀俸一月，本所掌印及守門等官俱下巡按御史逮問。
·〔隆慶三年正月乙卯〕，論閩、廣剿寇功，賞福建巡撫塗澤民、總兵李錫銀三十兩、紵絲二表裏，兩廣總督張瀚、廣東巡撫熊桴、總兵郭成各銀二十兩、一表裏；參將蔣元勳、蔣伯清而下，各賞銀有差。先是，二年七月中，海寇曾一本突犯福建界；官軍出海迎擊於柘林、鹽埕及馬耳澳等處，大破之：前後擒斬七百人，死水火者萬人。至是，事聞；兵部請大破常格——先給賞而後行勘，以勸邊臣用命者。上從之。
〔二月壬辰〕，兵部覆南京湖廣道御史尹校等條陳廣東用兵事宜：一言將士玩寇，乞責實效以期剿滅。一請令廣東巡撫坐鎮惠、潮，兩廣總督暫駐廣省，原設神威兵備專駐潮州兼管漳、泉官軍，便於調遣夾擊。一言閩兵通賊，必不可用；乞練土著或調浙兵用之。一言廣東方造舡於閩，日久未成；成則取道賊所，慮有不測：宜謹伺之。一言波羅海乃省城門戶，宜增兵分哨以固內地。得旨：如議行。
〔三月戊申〕，兵部覆都給事中張鹵奏「請申明閩廣巡按、紀功御史職掌」：『每當用兵，以調度機宜責之巡按，以隨軍按錄功罪責之紀功；俱不令兼制。差期，俱以一年而更。又玄鍾參將當令兼攝漳、潮交會地方，以兵往來黃岡、柘林、大城、南澳間，而嚴盜賣火藥之禁。其有奸民與賊通者，本犯凌遲，全家處斬；比鄰不舉者，謫戍』。上命如議行之。
庚戌，錄閩、廣協剿海寇吳平功，命原任巡撫都御史聽調汪道昆候缺推用、陞福建總兵戚繼光右都督，各賞銀、幣；陞前海道右參政周賢宣等俸一級，仍與把總胡世等各賞銀有差。
戊辰，海賊曾一本勾引倭寇犯廣東，破碣石、甲子諸衛所，官軍禦之無功。雷瓊參將耿宗元御下素嚴，及是聲言欲斬敗將；周雲翔、廖鳳、曾德久、廖廷、相雲翔等大懼，乃謀作亂。會宗元閱兵於教場，雲翔等忽鼓譟躍起，手刃宗元、執通判潘槐以叛，遂與賊合。已而潘槐自賊中誘擒廖鳳，獻之巡撫都御史熊桴所：桴具以聞。給事中張鹵因劾桴解紛無略、抵飾虛詞，而原任總督張瀚候代未行、坐視不省，及總兵郭成逗遛潮陽、按察司副使張子弘監督無狀；乞併議罰。得旨：『瀚降一級聽用；桴等俱住俸，戴罪剿賊』。
〔五月辛亥〕，初，廣東叛將之殺耿宗元亡入賊巢也，賊屯兵平安山、大峒等處，入掠海豐縣，從鹿境渡河。會總兵郭成等方率兵進剿，而南贛巡撫張翀亦遣參將蔡汝蘭等兵至；於是共趨大浦白雲屯以入平山，夾攻之。凡月餘，各部共擒斬一千三百七十五人——內生擒真倭酋丘古所一人，從倭一百餘人，奪歸被虜通判潘槐而下六百餘人；叛將周雲翔潰圍出走，成部卒擒之。捷聞，上命先賞，蔡汝蘭而下兵部議功。至是，部言：『郭成、蔡汝蘭執訊獲丑，張瀚、熊桴運籌制勝，張翀救災卹鄰，其功俱宜先敘；而藩臬有司官張子弘等、坐營守備李峨等二十四員並其餘獲功官兵，乞行紀功御史勘奏。丘古所及周雲翔等即令梟示，以正國法』。得旨：『張瀚復原職聽用，熊桴等俱開俸；桴仍與郭成、張翀各賞銀三十兩、紵絲二表裏。餘悉如議』。
〔乙卯〕，陞賞福建南澳等處地方獲功陣亡、被傷官軍民兵胡世等五百九十九人。
六月癸酉朔，總督兩廣、福建軍務都御史劉燾條上廣東賊勢及兵食至計言：『廣賊有五種：其首惡，曾一本及碣石殘倭，流毒最甚；亟宜殄滅。其次，則沿海通賊居民；若一概誅剿，則既絕其可生之路而益堅其從賊之心。請揭榜曉諭，許其自新；不悛，乃重置之法。其次，山賊黎汝誠等；撫之固無所顧忌，剿之亦不可勝誅。宜撫剿並行，殄其首惡，則餘黨自可傳檄而定。其次，撫賊林道乾，叛服不常，固有養虎遺害之憂；然業已聽撫，又立功海上，宜察其果無異志，即當推心置腹，勿使自疑。此三種者，皆可以計定，而不可以兵劫者也。其目前平寇之計有二：一、厚賞格以勵士氣——查得原議賞格，凡斬賊一顆，賞銀二兩；斬獲曾一本，陞職一級：軍中咸以為輕。乞倣征蠻事例，一人自擒斬三名顆、四名顆、五名顆者陞實授一級，不賞；六名顆以上者亦陞一級，餘功扣賞。領軍、領哨等官，部下擒斬一百名顆陞署一級、三百名顆陞實授一級，俱不賞；四百名顆以上亦陞一級，餘功扣賞。例應賞者仍量賊大小、成功難易，分為下、中、上、奇四等給散。有斬獲曾一本者，若平民即陞授指揮僉事、指揮即加陞都指揮使，俱準世襲；仍照前議給賞。一、積糧餉以裕兵食——前者，兵、戶二部已發銀十萬兩；今調兵數多，饋餉猶恐不給。乞令戶部移文督責各省原貸廣中軍餉銀兩速行補還，並南京戶部再發公帑五萬兩助給』。兵部覆奏，得旨：『如議』。
〔七月〕甲午，廣東巡按御史楊標言：『海賊曾一本雖已會師夾剿，而他寇尚多；如林道乾最號黠狡，及林容、程老、王老等皆四出鹵掠。宜乘勝蕩平，勿貽將來之患』。兵部覆如標言，上然之。
〔八月丙午〕，福建巡按御史勘報澳頭等處失事狀，福寧衛後所副千戶劉應謙以城陷論斬，指揮楊湧等降、罰有差。
〔癸丑〕，錄平閩、廣巨寇曾一本功，陞總督兩廣、福建軍務右都御史劉燾為左都御史，巡撫福建右僉都御史塗澤民、巡撫廣東右僉都御史熊桴俱右副都御史，廕一子入監讀書，督、撫如故；廣西總兵都督同知俞大猷為右都督，福建總兵都督僉事李錫、廣東總兵都督僉事郭成俱署都督同知，原任參將王詔實職三級，副使柴淶、廣東海道僉事楊芷、監軍副使江一麟各一級，及福建三司、府州縣官陳典等二十三人各賞銀、幣有差。死事把總胡世、趙紀、哨總王宗瀛等各贈官，立祠享祀，仍陞其子官二級。軍士死創者，人給銀伍兩。命紀功御史王宗載、參贊主事王俸還京；仍賜兵部尚書霍冀銀三十兩、紵絲二表裏，侍郎曹邦輔、曹亨銀十五兩、一表裏，職方司郎中孫應元十兩。先是，一本劫掠閩、廣間，勢益猖獗；上命燾兼兵部右侍郎往督三省師，又調大猷率兵會閩、廣夾剿。六月，大猷及錫先與賊遇於柘林澳，三戰皆捷，俘斬甚眾；賊遯入馬耳澳，整眾復戰。會成及詔率廣東兵至，次萊蕪澳，分三哨進攻。一本勢窮，自駕大舡戰益力；成等復敗之，遂焚其舟，賊多赴水死。詔生擒一本及其妻鄭氏並族黨尾叔等，斬首五百餘級；賊平。督、撫官以捷聞，兵部以閩、廣諸將相為掎角，功當並敘；故有是命。一本尋死，仍磔其屍，並尾叔等梟首以徇。
〔十二月庚子〕，以廣東潮州府擒剿林樟等巢賊首郭明等功，賞總兵郭成、兵備僉事楊芷、監軍副使江一麟等銀兩有差。初，潮、揭、浦、惠諸縣山賊依險為巢者以百數，郭明據林樟巢、胡一化據北山洋、陳一義據馬湖寨，聲勢相倚；屠戮劫虜，蓋二十年。是年九月，成等率官軍分部進剿，明及一化、一義並伏誅，斬首及俘獲者一千三百有奇；諸巢悉平。至是，總督劉燾奏捷；且言撫民林道乾等實用命，宜許贖罪。上既賞成等，而命御史勘道乾功狀以聞；又以廣中山寇尚多，飭燾等亟為剿滅，毋玩愒養寇，以貽民患。
辛酉，琉球國中山王尚元遣其臣守備由必都等歸我日本虜去人口，守臣以聞。上嘉尚元虔效忠誠，賞銀五十兩、彩緞四表裏，仍賜敕獎勵；由必都等各給銀、幣有差。
·〔隆慶四年正月戊寅〕，總督兩廣、福建都御史劉燾奏「討平海寇林容等功」，命賞兵備張士純等銀兩有差，磔賊首林容等於市。容，本海寇吳平殘黨，巢聚西海，劫掠為患。與曾一本殘黨許瑞相攻於吳川赤水海面，容敗被執；瑞遂因容所虜千戶朱本源求撫，獻容等首從三百餘名、被虜教官謝贊、謝式、謝庠、陳漸階、生員周坦等男婦四百餘名。事聞，兵部因請釋瑞勿誅，許其立功自效。報可。
〔八月丙申朔〕，以福建山海寇警，免福州、興化、泉州、汀州、漳州五府、福寧州、福清、同安、惠安、漳浦、詔安、上杭、寧德七縣正官朝覲。
·〔隆慶六年二月庚戌〕，先是，廣東惠州海賊六百餘人破甲子門所，殺千戶董宗儒及軍民二百餘人，掠二百餘人以去，撫寇朱良寶等遂反；名色把總韓國、李時魁領兵禦之，賊夜襲破國等于程洋崗寨，殺二十餘人、虜六百餘人。至是，巡按御史趙焞勘上其事，請治百戶吳一道等、千戶田于藩等、指揮李臣、經歷郭標及國等失事罪，並罰治碣石右寨把總白玉及海防僉事金柱等；且言：『甲子門所城十年三陷，幾為丘墟；而程洋崗等寨切近寇巢，民不安枕。況海倭無歲不來，而撫寇桀驁日甚。乞責督、撫官亟圖善後之策』。兵部覆奏，上是焞言。命停玉等俸三月、柱等二月，下一道等御史問。
〔閨二月甲申〕，命南京右軍都督僉書右都督俞大猷充總兵官，鎮守福建並浙江金、溫等處。
〔三月己丑〕，提督兩廣軍務右侍郎殷正茂奏：『撫民許瑞出兵攻剿倭寇，生擒七十八人，斬首二十五級；請授把總職銜，以示優異』。兵部謂「廣盜未靖，姑厚其賞；令盡剿諸賊，乃併授官」。命如部議。
〔五月戊戌〕，廣東海賊李茂破樂會縣，乞招降；守臣欲許之，科臣梁問孟等以為不可。兵部言：『李茂本以林容餘黨攻毀縣城，罪在不赦；豈可聽其甘言單詞苟安目前，重貽後患！宜令提督侍郎殷正茂詳議，或陰假「招安」以為擒剿之圖，無墮賊計』。上是之。
●明實錄閩海關係史料（三）
神宗實錄
隆慶六年（七月、十一月、十二月）
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萬曆三十五年（四月、十一月、十二月）
萬曆三十七年（五月、九月）
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萬曆三十九年（六月、八月、十二月）
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萬曆四十七年（五月）
萬曆四十八年（四月）
·〔隆慶六年七月癸丑〕，南京湖廣道御史陳堂條奏處置廣寇機宜四事：『一議撫剿。臣惟撫之不可為剿，猶剿之不可為撫。以撫為剿，自有寇亂以來，官以此啗賊，而賊即以此啗官。往者潮賊林道乾、朱良寶等，豈不號曰「招安」！然各盤據山谷，聚眾數千人據膏腴之田以自固，至今無可奈何！近日瓊州賊首李茂又欲援以為例，有司未之許，遂攻陷文昌、樂會等縣以為要挾之計。及倭寇內侵，掠財帛、子女而阻於無船以歸，乃以敗舟易彼數千金，因乘間追獲之，藉口有功於我，求贖前罪：此蓋利其所有而幸獲以啗我也。此而撫之，恐群盜生心效尤者眾矣。昔裴度有言：「淮西腹心之疾，不得不除，且業已討之。兩河藩鎮跋扈者，將視此為高下；不可中止。臣愚以為李茂，亦廣東群盜所視以為高下者也。今宜敕兵部諭令督、撫諸臣，示以意嚮。如林道乾等，使曉然知朝廷曠蕩之恩，各生其生、毋懷疑貳；漸加約束，復解散其黨還故籍，示以大信，使享生民之樂。至如李茂，則聲其罪惡，俾諸將曉然知其罪在不赦，奮擊以收成功。如此，則撫可為恩、剿可為威，群盜庶幾格心。議者乃謂兵寡財匱，李茂亦不得不撫。竊謂不然。方唐討準西，四年不克，亦欲罷兵；憲宗獨曰：「吾用度一人，足破二賊」！卒成大功。今督臣殷正茂才望可倚重，皇上以任度者任正茂，則正茂必能以度之討淮西者自任，賊不足平矣。一議賞罰。夫賞罰，所以震人心而立國威也，不必在重而在必行。功不必賞，則有功者觖望而疑；罪不必罰，則為惡者輕法而怙。往年柘林叛兵及賊首曾一本各操舟數十艘直薄會城，官兵莫敢誰何！有司懸令示賞格。間有裏糧自奮，斬首數十百級；乃忍弗能予，又從而計其所獲盜贓括入公帑，今日驗功、明日領賞，逡巡數月，十不償一。如此而欲人心奮勇爭功，得乎？上下相沿，種種如是；遂使將士解體，不可收拾：此殷鑑也。至於將帥觀望賊勢、養寇殃民，未有顯罰，且獲美官；自偏裨而下，誠見主將之如是也，皆謂向敵則有不虞之憂、縱賊則有自全之樂，誰復肯用命者！即如李茂，眾不過數百人；參將晏秋元擁數千之兵不敢動，尚以「持重」自文其逗遛不進之罪，猶謂國有法乎？今宜敕下兵部查年來被劾諸將，分別議處，仍嚴責成以殲賊自效；一或縱佚蔓延他郡，依律處治。仍諭督臣轉行所司：凡有能自防禦及乘機斬獲者，務從信賞；一切所獲，聽令自有。或李茂黨中有能擒茂來降者，亦與破格賞賚；餘黨各給牛、種，復其故業。如此則三軍之耳目一新，海濱之人心益勵，而盜賊可平矣。一議兵將。臣惟兵不識將、將不知兵，自昔論戰者嘗病之矣。廣自用兵以來，一切土著之兵不練，而遠募浙兵糜費以坐困地方。募者利其侵克冒破為自潤之計，及於敗沒；戰者亦利其冊籍之無稽、不能上聞，而得以掩其覆軍誤國之罪：初非浙兵果足賴也。乃浙兵所過地方，罹其害反甚於賊。賊之害止鄉郊，兵之害及城市；賊猶畏官兵，兵則恃官府而更無所畏。拒之則觸法，激之則嘯聚。議者亦嘗咎浙兵之不宜用，乃曰「土兵不肯拒賊，故召募；又曰「廣東之民好亂」；夫不咎己不能已亂而咎民之好亂，亦左矣。昔裴度之牙兵，非即淮、蔡之戍卒乎？特患不得其心，所以不得其力耳。至於將固難得，而擇將之道亦未易盡。何者？縉紳各有治績，隨時可以考見。若將，非嘗試之器，何由而得真材！識其面者見其赭顏美髯，則曰是將材也；聞其名者見其書札公移能為文辭，亦曰是將材也。是果何取於將哉！故莫難用者將、莫難知者將材也。臣愚以為廣東原不乏兵，往浙被倭，嘗調廣兵以取勝；豈強於客而反弱於主！且廣東各縣則有打手、刀手、惠、潮則有壯快、海夫，瓊州則有黎兵，皆強悍足任驅使。今地方殘敝，民益無賴；增一土兵，是亦減一土賊也。若夫擇將，亦各有長。議者以為今東南名將莫如戚繼光，今移鎮薊、遼，西北非其所習，無以自見；謂宜暫借鎮廣東。仍行東南各省巡按專以急缺將材，著實訪試，務得智勇兼人者，各舉一、二人以聞，兵部咨送兩廣，隨官調遣。而兵則留心土著，以調度客兵之糧餉給土兵，孰多？以召募客兵之歲月練土兵，孰便？此所當虛心酌議也。一議功罪。臣惟功者，人情之所誇喜；而罪，其所深避也。惟在深避，則賊將至，有司每壅蔽不以聞；惟所誇喜，則賊將滅，主將每詐冒不覈實：此廣東地方之禍，日尋於無已也。夫賊至於攻城掠邑、殺虜人民、驅逐長吏，其為禍豈朝夕之故遂至陷失哉！有司者早不能撫循、繼不能失散，因仍苟且為傳舍之計，故不至於大敗極露，不得上聞；及以聞，猶冀委曲回護，苟免禍謫。上下相蒙，鄉不得以聞於縣，縣不敢以聞於郡。至於道所聞於郡、邑，十不得六矣；撫、按所聞於道，又十不得四矣。其能達於廟廊之上者，僅一、二耳。萌孽不伐，將缺斧柯；爝火不滅，燎原若何！其勢然也。及其事不可巳，然後仗天威、聲天討，猶恐異日功之不大而名不著也，先張大賊之名，以一為十、以百為千；擒獲不能盡，餘黨遂逸，則妄殺平民以充級，露布報捷以邀賞。無何而餘孽復作，日積月長，則又另稱名目，為明年巡撫之事矣。此皆十年以前流禍之漸，以至於今不可收拾。譬之久病廱疽，不大忍痛洗割、滌其腐爛，則藥石不可施而氣血不暢。今宜敕部轉行督、撫大臣，趁今大赦詔頒，嚴行各官毋更諱疾以自遺患。其盜賊蹤跡未甚章者、昔嘗隱忍未及聞者，即明白許其從善、復還故業，毋輕棄其民；守、巡官設法示信，使愚民不疑，不負朝廷德意。如再掩護，致日久敗露，雖經去任亦重參處。其提督、撫臣仍督責將佐空巢搗穴，毋使漏網，致遺他日禍患；然後論功，敘次陞賞。如此則庶幾壅蔽不行、詐冒不作，而賊可平矣』。兵部覆請，上是之。
〔十一月戊申〕，兵科給事中李熙言：『今志士謀臣焦心疚懷為國家抱長遠之慮者，孰不曰北虜、南夷。以臣度之，俺答貢而邊戒常嚴，廣寇張而蕩平無期；北未若南之可憂也。南之可憂，又不獨廣東一省也。夫無事則偷惰玩惕，有急則倉卒支吾：吾人之情也。美貨甘食則來，食盡貨竭則徙：寇之情也。自嘉靖三十一年倭掠浙東，而吳、越諸郡咸罹荼毒；南都根本之地，岌然震驚。其人民廬舍畜產，焚劫無餘矣；乃始蔓入福建。自嘉靖三十四年至四十二年八、九載間，福之人民廬舍畜產，殘破尤慘；故又轉而入廣。今又十年餘矣，計受害不異前之福、浙；其調敝耗乏，巳無復可垂涎。彼之所睨盼而窺伺者，非福則浙耳，無他往也。福自倭亂之後，區畫調度，可謂纖悉。然法咸密於內地，而海上之備尚疏；意稍懈於暫寧，而潛萌之釁未睹——況當廣寇旁窺，正所謂「震鄰」之時也。於此而不急為之所，將待亡羊而後補牢乎？晚矣！故臣以為今日之計，宜專意海防』。因條喫緊六事：一曰慎把總之選、二曰專水寨之守、三曰精海兵之選、四曰復煙墩之舊、五曰堅久任之法、六曰重克減之禁。疏下，兵部覆如議行。
〔十二月癸丑朔〕，兵部覆福建擒斬倭、賊功次，賞巡撫殷從儉銀二十兩、紵絲二表裏，僉事喬懋敬等各賞銀十五兩。按先後凡獲賊大小船三隻、生擒二十三人，獲級十六顆、真倭首十四級、生倭七名，奪回被擄七人；而倭賊十四級中，其三人則又被擄漁人黃聰等六人所力斬也。
·〔萬曆元年五月〕癸巳，令提督兩廣侍郎殷正茂督兵剿海賊。林道乾聞山寇蕩平，叛招出海，駕言奔投外國；又林鳳、朱良寶等，濟惡猖獗。正茂計大集水陸之眾，期一鼓就擒。其或廣海茫洋，不能窮追，一面撲滅鳳、寶諸賊，剪其羽翼；一面搗共巢穴，移大將提兵一枝據其倚山跨海之險，以待其來。即使勾倭內犯，亦已有備無患。兵科都給事中張書遂請申飭正茂刻期征剿，務在必誅。兵部兩覆之，仍乞敕福建鎮、巡嚴兵協剿。
〔八月癸酉〕，詔行兩廣軍門及閩、浙各巡撫協剿逋賊林道乾等，不得推諉觀望，貽害地方。
〔九月〕己丑，兵部覆福建海賊犯閭峽澳等處失事之罪，總兵俞大猷革任閒住、參議徐時可罰俸三月；協管等官俱住俸戴罪殺賊，事寧之日仍提問具奏。
·〔萬曆二年二月丁巳〕，兵部覆兵科都給事中蔡汝賢等、巡按廣東御吏張守約題：『海賊林鳳復擾潮、惠，泊舟錢澳，挾求招撫；合咨兩廣提督殷正茂、福建巡撫劉堯誨嚴督官兵會剿，不許狃信地之說、襲招撫之套。其失事將官胡震等，姑令戴罪殺賊，事平定奪』。從之。
〔三月庚子〕，兵部覆提督兩廣右都御史殷正茂題：『潮賊朱良寶據險為巢，人效死鬥；必須重懸賞格，令就近自募死士，方可必克。都指揮陳璘、吏目王道踴躍請先，忠義邁眾；成功之日，將陳璘陞參將，王道——雖系文職，改陞守備。仍移咨兩廣、福建巡撫嚴督總兵、司道等官先攻諸良寶，以解倒懸之急；次取林鳳，以收破竹之功』。詔可。
〔四月丙寅〕，兵部覆戶科左給事中陳渠題「兩廣提督殷正茂、雲南巡撫鄒應龍、廣西巡撫郭應聘各報剿賊，宜加詳覈及善後事宜」：『查殷正茂先次受賞，寶為惠州之功。今諸良寶已傾巢穴，但林鳳尚在潮州；廣西多盜之區，即再奏大捷，善後為難；雲南之師出自便宜——先未請征，輒報蕩平，未審虛的。合咨行殷正茂會同福建巡撫嚴督官兵將林鳳克期剿滅，仍與鄒應龍、郭應聘各畫善後事宜，以圖一勞永逸。其雲南、廣西功次，行巡按御史嚴加覈實』。從之。
〔六月戊申〕，福建巡撫劉堯誨揭報廣賊諸良寶，總兵張元勳督兵誅剿；其逋賊林鳳鳴擁其黨萬人東走，福建總兵胡守仁追逐之，因招漁民劉以道諭東番合剿，遠遯。
〔七月〕辛卯，住廣東巡海參將胡震等俸，戴罪殺賊；下清瀾所備倭千戶丁其運巡按御史問：以林鳳突出清瀾港登岸搶掠也。
〔十月辛酉〕，福建海賊林鳳自澎湖逃往東番魍港，總兵胡守仁、參將呼良朋追擊之，傳諭番人夾攻；賊船煨燼，鳳等逃散。巡撫劉堯誨請賞賚有差；部覆，從之。
·〔萬曆三年二月己亥〕，巡撫福建劉堯誨以海寇林道乾警報聞。上用兵部言，命各該鎮、撫官著實先事料理，務期有備無患；不得虛文塞責，致有疏虞。
〔十一月庚戌〕，兵部覆巡按御史孫錝查核本年五月海壇外洋擒倭功次，敘巡撫劉堯誨、總兵胡守仁、南日把總方策、遊兵名色把總邵岳及文武將吏。奉旨：『劉堯誨陞俸一級，仍與胡守仁各賞銀三十兩、紵絲二表裏；方策、邵岳各升一級』。其餘將吏各賞有差。
辛酉，海寇林鳳復犯閩不利，更入廣，而留船於魍港為窟宅。兵部議：在廣，獞猺之役所宣暫停，而併力於鳳；在閩，亦宜搜剿窟宅，以絕禍本。議行閩、廣督撫鎮巡等官嚴督所在水兵同心戮力，務使片帆不遺，方許收兵；無更言招撫，以蹈覆轍。奉旨：『是』。
〔十二月己卯〕，提督兩廣凌雲翼奏稱：『海賊林鳳流突廣、福，總兵胡守仁追至淡水洋，衝沈賊船二十餘隻，逃往西番』。
·〔萬曆四年正月己未〕，福建巡按御史孫錝言：『廣賊林鳳，奉命夾剿。閩師出海已擊其半，而潮州道參政金淛專主招撫，阻回閩師；恐他日終為二省患』。時淛已揭報該省按院主捕鳳矣，閩有此言，上亦不罪淛；但申飭舊議，責令成功而已。巡撫都御史劉堯誨亦言：『賊鳳回潮，全賴閩兵追擊，犁沈大半，擒斬多功。淛不勝嫌忌，反稱妄虜，計阻閩師；乞賜勘以昭激勸。至於呂宋雖非貢國，而能慕義來王；所獻方物，應為代進』。下兵部，覆如閩撫議。上曰：『人臣若肯同心為國，嫌忌自無』。兵科給事中蕭彥又言：『林鳳為閩兵所擊，區區餘燼不即就殲而堅欲示弱，可虞一；或撫、或否，可虞二；置之腹心之地，可虞三；彼無意聽招而我招之，可虞四；有云「鳳死」、有云「鳳生」，揭報支吾，蹤跡詭秘，可虞五。總之，惠、潮重地，非淛輕率寡謀、拂眾自用者所能勝任。乞量移別地』！吏部覆「淛宜留任」；上命供職如舊。
〔二月辛未〕，罷廣東參將吳京，下總督訊；以縱賊林鳳，為督臣所劾也。
〔三月癸丑〕，總督兩廣侍郎凌雲翼以廣賊林鳳棄眾投番，撫散餘黨二千報。下兵部議，謂鳳既遠遁，宜聽便宜計取，或修備以待之；而賊黨盡散、地方寧謐，於例並得論功。因論鳳在呂宋，非閩中用間諭夷，豈有潛遁之日；及其黨回潮，非廣中相機諭撫，寧有底定之期！事在相左，實則相成；均宜查敘，為苦心任事者勸。許之。
〔丁巳〕，惠潮參將魏宗瀚、王如澄及碣石把總朱相俱論死。先是，賊曾一本犯潮州，瀚等擁官兵行二十日始至，賊從碣石衛鶯州夜遁去；復犯雷州，與瀚等遇，偽以眾降。瀚等墮計，焚戮舡兵殆盡。朱相自碣石來與賊衝戰，沈其舡；再戰，再勝之。瀚等不為應，李茂才、李節、林清先潰，瀚等望風而奔，相亦退走；賊遂橫行海澳中。於是議造閩舡、募閩兵，仍以瀚統之。比賊方抵省，而閩兵已相機投賊，並各舡悉為賊有矣。會城之敗，其禍蓋尤烈云。
〔九月丙申〕，巡撫福建僉都御史劉堯誨奏報：把總王望高等以呂宋夷兵敗賊林鳳於海，焚舟斬級；鳳潰圍遁，復斬多級——並呂宋所賫貢文、方物以進。下所司。
辛亥，敘平廣東海寇林鳳功，升福建巡撫僉都御史劉堯誨為右副都御史，總兵胡守仁、參議喬懋敬、參政陶幼學等各賞賚有差。
禮部議賞呂宋番夷例以聞；報可。
〔十月丙寅〕（？），加授福建總兵胡守仁都督僉事；以督閩兵過廣追剿海賊有功，故首敘之。
〔十二月乙亥〕，先是，逋寇林鳳率黨回潮，先犯潮州之海門港踏頭埔，繼犯惠之碣石東海■〈氵窖〉。時閩帥胡守仁統師追剿，而廣兵之在海豐諸處者亦有擒捕；賊見兩省舟師盛集，潮州道參政金淛又推誠諭撫，遂分■〈舟宗〉散泊，束身待招。鳳知眾心已散、己罪不赦，掣舡夜遯；撫散過馬志善、李成等一千七百十二名，收回被虜男婦六百八十八名口，舡隻、器械、火藥稱是：御史詹貞吉勘報以聞。兵部覆：『一剿一撫，其功則一；閩功近巳陞賞，廣功委不宜遲。其言修我武備以聽鳳酋、盡我撫綏以化餘黨，尤為善後確論。侍郎凌雲翼除盜安民，厥功懋矣；金淛撫散多賊，心力亦殫：雖經陞任，仍應與總副道府等官張元勳、趙可懷、晏繼芳、何子明、劉經緯、夏道南、侯繼高、孫光祖、徐汝陽、蕭遍、李畿嗣、楊寅秋等同論。其失事偏將蔣柏清，當重罰示懲』。上賜雲翼銀三十兩、紵絲二表裏，淛等以下各二十兩，子明等以下各十五兩，遍等以下各十兩；蔣柏清奪俸半年。
·〔萬曆六年二月壬辰〕，巡按福建御史商為正奏稱：『本省濱海，密邇島夷。頃倭寇竊發，尚募他省之人以充戰守；況各軍生長於斯，熟知地理、慣事舟楫，選之以當水寨之役，較召募實為便益』。部覆如議。
〔九月己未〕，兵科都給事中光懋題：『海賊林道乾駕船泊潮陽河渡門港，令賊徒具狀告報——及被虜逃回之人稱虜去於萬曆六年打暹羅國烏椎船不勝，賊眾殺死甚多，被番趕逐，乏銀乏人，議復回河渡門舊巢取原埋銀物，議要打劫海門各所；候東風一轉，即欲駕回外夷。夫此賊之計亦狡矣，假投降以緩我師，得以從容舊巢；欲招安而不肆劫掠，得以潛跡觀釁。誠恐當事諸臣急於靖亂，甘受投降之計；而墮彼術中，貽禍匪細。乞敕兵部馬上星馳轉行總督等官殫紓籌算，克期會兵；務出萬全之計，以收一鼓之功。待渠魁授首，然後徐從議撫，散其餘黨以靖地方』。部覆如議。
壬戌，定海洋擒斬倭功。不拘外洋、登岸，賊至五百名之外、船至十隻以上為一等；所獲真倭、從賊一名顆陞署職一級，二名顆陞實職一級，獲漢人脅從賊三名顆陞署職一級。賊至三百名之外、船至五隻以上為二等；所獲真倭、從賊及漢人脅從賊，各以名顆多寡，上下其賞。或敗後散遯、零星擒斬者，各賞有差：著為定例遵行。
〔十一月〕辛亥，兵部題：『國初，於閩、廣、兩浙設三市舶，不徒督理貢事，亦以牽制市權；意固深遠。尋以浙江多故，旋設旋罷；惟閩、廣二舶尚存。而廣南番船直達省下，禁令易行。福建市舶專隸福州，惟琉球入貢一關白之；而航海商販盡由漳、泉，止於道、府告給引文為據。此皆沿海居民富者出資、貧者出力，懋遷居利；積久弊滋，綠為姦盜者已非一日。今總督凌雲翼議將下番船舶一一由海道掛號，驗其丈尺，審其貨物。當出海、回籍之候，俱欲照數盤驗，不許夾帶違禁貨物。巡撫福建劉忠問一謂漳州澳船須令赴官告給船由丈引，並將貨物登記。二謂泉、漳商船無可辨查，要行該有司將大小船隻編列字號，每船十隻立一甲長，給文為驗。三謂沿海居民間有通賊接濟，宜立保甲，互相稽察。如一家接濟，則九家報官；敢有容隱，則九家連坐，其甲保長另行重處。四謂南日山寨新移吉了巡司之旁，道里不均，應接不及；須移置平海衛南哨澳地方，以便策應。臣竊謂近日劇賊林道乾、林鳳等逋逃島外，尚漏天誅；更有黠猾豪富託名服賈，勾通引誘，假造引文、收買禁物，藉寇兵而齎盜糧、為鄉導而聽賊用，誠有如督、撫二臣所言者。伏乞敕下閩、廣該地方官查照前議，斟酌施行』。得旨：『海禁事宜，著該省撫、按官會議停當具奏』。
·〔萬曆七年九月丙寅〕，總督兩廣侍郎劉堯誨會同巡按御史龔懋賢條陳：一、禁遏通番，以徒私交之黨；一、查編海船，以詰接濟之姦；一、稽查保甲，以清接濟之源；一、察驗商船，以防混跡之患四事。巡撫福建都御史耿定向會同巡按御史敖鯤谷條議：一、清查船隻，稽察貨物；一、編刻船號，照對文引；一、稽覈保甲，禁緝接濟；一、商船分番出海，量留防守；一、漳、潮互相關會，稽察船隻五事。部覆均為閩、廣沿海要務，從之。
·〔萬曆八年閏四月壬子〕，海賊林道乾者，竊據海島中出沒為患，將士不能窮追；而大泥、暹羅，為之窟穴。既而逼脅大泥、侵暴暹羅，有通事言彼國願往擒自效；總督兩廣劉堯誨議重立賞格，期於必獲。部覆為請，上從之。
〔五月己卯〕，閩、浙、廣三省，多倭奴出沒海上；雖時有斬獲，而浙之南麂諸洋與廣之抱虎諸處尚有屯泊者。因飭兩廣總督劉堯誨、浙江福建巡撫吳善言、耿定向各嚴督將領防剿之。
〔八月壬戌〕，柬埔寨酋鄭青捕逆賊楊四並金書牙蠟來獻——四，逋賊林道乾黨也。先是，福建巡撫耿定向諜知乾奔暹羅，諭寨酋計擒之。酋見諭，因執四並歸原兵陳廷寀等乞通貢於內。部臣謂「俟獲道乾後再議」，上是之。
·〔萬曆十年七月乙亥〕，先是三月二十一日，倭寇溫州，副將陳澗、參將沈思學率兵擊走之；奪其二船，生擒倭賊四十七名，斬首五顆，焚溺死者不可勝計。至是，巡撫張佳胤以聞；且議有功文武各官及陣亡軍丁紀錄卹賞。部覆，從之。
〔八月戊申〕，兵部覆福建巡撫勞堪題：『倭寇一自北洋、一自廣海突入，意在窺犯興化、漳南地方；又有夥船出沒東湧、彭湖，欲圖聯勢劫掠，實係內地奸徒勾引。各官兵奮勇撲滅，兩戰皆勝；共擒斬倭賊三十餘人，爭回被虜男婦六十餘人。乞將效勞被傷官軍分別賞卹及將倭賊梟示』。從之。
〔十一月丁已〕，先是，廣東數苦倭，而蛋賊梁本豪後聚眾挾倭焚剽郡邑，流毒已久。總督尚書陳瑞擊破之，斬本豪；後先擒斬倭賊一千六百有奇，犁沈倭船、蛋艇二百餘隻，殲餘孽殆盡——而建州逆杲遺子阿臺勾連北虜搶掠孤山，陰圖大逞；總督吳兌檄鎮、巡提兵襲擊，俘斬一千八百餘人並殲名王十六，獲達馬幾五百。露布先後至，上喜，命同日宣捷。
·〔萬曆十二年正月己丑〕，福建巡按御史龔一清查覈過南澳、銅山功：官兵衝沈倭舡四隻，生擒倭賊二十八名、斬首十二級，奪被虜者六十餘名；文武官于嵩等優敘、獎賞有差。
·〔萬曆十三年三月丁丑〕，錄福建十二年春汛斬獲功，賚海壇山名色把總黃道、分守參政顧褒、南日山水寨把總白斯清等銀兩有差。是役也，獲生倭深酉夢等十有九人。
·〔萬曆十四年二月乙酉〕，錄廣東南頭、碣石二寨擒斬海洋倭賊功，賞總督吳文華等銀、幣有差。
·〔萬曆十七年二月丁未〕，先是，有倭船三突至浙江外洋，官兵亟擊之，沈其船，斬首四十八級，生擒者六。巡撫滕伯輪以聞，行巡按勘報；伯輪已故，贈兵部左侍郎，將士賞賚有差。
〔四月戊寅〕，廣東瓊州賊李茂、陳德樂等與林鳳各據海島肆行劫掠，林鳳不知所往，茂等陽就招撫，尚擁眾據住海南鋪前，其黨屢盜珠池；有司計散之，留者買田歸農。茂自投督府，宥罪；久之，為盜如故。所司收其船、器，拆毀廬舍，移居府城，終弗悛也；因捕治之。參將陳居仁、楊友桂各利其資，縱去；賊黨揚帆入海，襲破清瀾城，又犯萬州、陵水，毀民居及兵船、商舶。總督劉繼文先後以聞，兵科都給事中張希皋□友桂可罪者四、賊勢可慮者四；俱下兵部。
丙申，福建巡撫周寀言：『漳州沿海居民往販各番，大者勾引倭夷窺伺沿海，小者導引各番劫掠商船。今列為二款：一、定限船之法。查海禁原議給引五十張為率，每國限船二、三隻。今照原禁，勢所不能；宜為定限。如東洋呂宋一國水路稍近，今酌量以十六隻；其餘大率準此。以後商販告票造船應往某國者，海防官查明數外，不准打造。一、薄稅銀之徵。商餉規則，每貨值一兩者稅銀二分，又西洋船闊一尺稅銀六兩、東洋船闊一尺稅銀四兩二錢；既稅其貨，又稅其船，無乃苛乎！除船稅照舊，其貨物以見在時價裒益劑量』。兵部覆：東、西二洋各限船四十四隻。
·〔萬曆十九年閏三月丁卯〕，福建所屬建安、甌寧、政和、浦城諸鐵鑪，舊已禁開。其寶豐、遂應二銀坑鄰近有支提寺，姦宄易藏；僧大遷等稱奉賜藏經，將銅物、旗仗等件貯住。又海上有番僧欲效香山故事，乞內地建寺。撫臣趙參魯請將支提寺僧移入省城寺中，並申礦禁。其海上勾番者分別首從，照私通日本禁例重治；販廣商船，許至高州。部覆，從之。
〔七月〕癸未，大學士許國等題：『昨得浙江、福建撫臣共報，日本倭奴招誘琉球入犯。蓋緣頃年達虜猖獗於北、番戎蠢動於西、緬夷侵擾於南，未經大創；以致島寇生心，乘間竊發。中外小臣爭務攻擊，始焉以卑凌尊，繼焉以外制內；大臣紛紛求去，誰敢為國家任事者。伏乞大奮乾剛，申諭諸臣各修職業，毋恣胸臆』。上諭六部、都察院曰：『祖宗設官分職，使之上下相統、內外相維，體式俱存，紀綱攸係；是以官守、言責各有司存，豈容紊亂！近年以來，人各有心，眾思為政；或以卑凌尊、或以新間舊，或以僚屬而■〈哭，言代犬〉官長、或以外吏而排閣臣：以致國是紛紛，朝綱陵替。大臣解體，爭欲乞身；國無其人，誰與共理！內治不舉，外患漸生；四夷交侵，職此之故。但有干名犯分、抵冒誣衊肆無忌憚者，憲典昭然，定不輕貸。仍行與南直隸、浙江、福建、滇、廣鎮守督撫等衙門預講調度兵食之計，申嚴備禦海汛之方。欽哉！故諭』。
〔八月甲午〕，福建巡撫趙參魯奏稱：『琉球貢使預報倭警，法當禦之於水，勿使登岸；姦徒勾引，法當防之於內，勿使乘間。歲解濟邊銀兩，乞為存留；推補水寨將領，宜為慎選。至於增戰艦、募水軍、齊式廓、添陸營，皆為制勝之機，足為先事之備』。部覆，從之。
〔乙已〕，福建沿海船隻水陸主客官兵，向以承平減設。至於倭報洊至，撫臣趙參魯請於五寨共添福、烏船四十隻，海壇遊增福船一隻、鳥船四隻，浯銅遊增福船二隻、烏船四只：共用船價銀五千九百餘兩；應增器械、火藥，約用三千餘兩。北、中二路共增浙兵三營共一千九百名有零，歲增餉二萬四千七百餘兩。其銀宜留解邊錢糧支用』。部覆，從之。
〔九月癸亥朔〕，給事中胡汝寧題稱：『倭夷與浙直、閩廣相對，乘風揚帆，數日即至。宜選求名將、多增戰船、廣募水兵及梭槍、榔筅、火器等項製造演習』。部覆，從之。
〔十一月丙寅〕，朝鮮國國王李昖具報：『本年五月內，有倭人僧俗相雜稱：關白平秀吉併吞六十餘州，琉球、南蠻皆服。明年三月間，要來侵犯；必許和方解』。有旨：『著兵部申飭沿海堤防。該國偵報，具見忠順；加賞以示激勸』。
·〔萬曆二十一年六月庚子〕，以薊遼、保定、山東等處防海禦倭副總兵署部督僉事陳璘協守潮、漳等處。
〔七月乙亥〕，巡按福建陳子貞題：『閩省土窄人稠，五穀稀少。故邊海之民，皆以船為家、以海為田，以販番為命。向來未通番而地方多事，邇來既通番而內外乂：明效彰彰耳目。一旦禁之，則利源阻塞，生計蕭條；情困計窮，勢必嘯聚。況壓冬者不得回，日切故鄉之想；傭販者不得去，徒興望洋之悲！萬一乘風揭竿，揚帆海外，無從追捕；死黨一成，勾連入寇，孔子所謂「謀動干戈，不在顓臾」也。今據布按二司、右布政使管大勳等及總兵官朱先等勘議前來，相應於東、西二洋照舊通市，而日本仍禁如初，嚴其限引、驗其貨物；一有夾帶哨黃等項，必加顯戮。彼商民固有父母、妻子、墳墓之思者，方以生理為快；又何敢接濟勾引，自蹈不赦哉！且洋船往來、習聞動靜，可為吾偵探之助；舳艫柁梢、風濤慣熟，可供吾調遣之役。額餉二萬，計歲取盈，又可充吾軍實之需：是其利不獨在民，而且在官也』。下所司議。
·〔萬曆二十二年五月癸未〕，先是，尚書石星遣指揮史世用等往日本偵探倭情，世用與同安海商許豫偕往。逾年，豫始歸報福建巡撫許孚遠；豫之夥商張一學、張一治亦隨續報，互有異同。孚遠備述以聞，因請敕諭日本諸酋長擒斬秀吉，朝廷不封兇逆而封能除兇逆者。又云「莫妙於用間、莫急於備禦、莫重於征剿」。疏下兵部。
〔十月丁未〕，福建巡撫許孚遠奏：呂宋酋長之子訟我奸民之隸其部而襲殺其父、奪其寶逃者。兵部覆議：『將獲犯正法，厚遣酋使，以堅內向之心，且藉偵日本夷情』。詔可。
·〔萬曆二十三年四月〕丁卯，福建巡撫許孚遠奏：『福州海壇山開墾成熟田地八萬三千八百有奇，量則起稅，民已輸服。茲山密邇鎮東，為閩省藩籬；既成屯聚，必資城守。其造城、建營、建署等費逐一確估，不過六千七百兩有奇；即以本山稅銀三年充之，可不勞而辦。城郭、營房既完，海壇遊兵便可常聚，則屹然一雄鎮。又有南日山，僅比海壇三分之一；俟查明另議。至彭湖遙峙海中，為諸夷必經之地；若於此處築城置營、且耕且守，斷諸夷之往來，據海洋之要害，尤為勝算。但此地去內地稍遠，未易輕議』。因言「浙中沿海諸山若陳錢、金塘、玉環、南麂等處，俱可經理」。疏入，戶部覆請聽其便宜施行；且請移文浙江撫、按查陳錢等處照海壇設法開墾。詔曰：『可』。
〔六月丁卯〕，初，福建所遣偵探日本劉可賢受關白財物，又私帶夷僧入境。按臣周維翰以可賢既邀重貨，必有輕納；日本既捐大利，必有厚望。恐因而啟釁，因請申飭沿海一帶練兵厲械以防未然。兵都覆奏，詔今後沿海地方只宜修整防禦，毋得擅遣偵探以生事端。
·〔萬曆二十五年七月〕乙巳，福建巡按金學曾條上防海四事。一、守要害；謂『倭自浙犯閩，必自陳錢，南麂分■〈舟宗〉。臺、礵二山乃門戶重地，已令北路參將統舟師守之。惟彭湖去泉州程僅一日，綿亙延袤，恐為倭據；議以南路遊擊汛期往守』。一、議節制；謂『福建總兵原駐鎮東，但倭奴之來皆乘東北風，福寧、福州乃其先犯，鎮東反居下游；欲將總兵於有警時移劄定海，以便水陸堵截』。一、設應援；『造大小戰舡四十隻、募兵三千名，遇急分投應援』。一、明賞罰。部覆，允行。
〔十一月〕庚戌，福建漳、泉濱海，人藉販洋為生。前撫塗澤民議開番舡，許其告給文引於東、西諸番貿易，惟日本不許私赴。其商販規則，勘報保結，則由里鄰；置引印簿，則由道、府；督察私通，則責之海防；抽稅盤驗，則屬之委官。至是，法久漸敝；撫、按金學曾等條議：一、定舡式。一、禁私越。一、議委官：歲委府佐一員駐劄海澄專管榷稅，海防同知不必兼攝。一、議引數：東西洋引及雞籠、淡水、占城、高址州等處共引一百十七張，請再增二十張發該道收貯；引內國道東西聽各商填註，毋容猾骨高下其手。一、禁需求。部覆，允行。
·〔萬曆二十六年十一月癸巳〕，福建巡撫金學曾奏報：『關酋平秀吉死，內難將作；且與小西、行長平素不睦，必自相圖。倘水陸交攻，殲此鯨鯢，或其時也。乞敕朝鮮經、督諸臣再加偵實，相機進剿以彰天討，毋為清正狡謀所疑』。章下兵部。
·〔萬曆二十七年二月戊辰〕，設市舶於福建，遣內監高寀帶管礦務。
·〔萬曆二十八年六月戊戌，兵部〕（又）題：『浙江巡撫劉元霖報稱哨獲烏尾異船一隻官役華夷一千人，審得千總毛國科蒙遊擊茅國器差往倭營用間，今有執政家康令倭酋覓船送歸及先年被虜人口，並將賊首季州等十一人綁送與科帶回正罪。合行福建巡撫查審歸結；其被虜民兵，各取原籍親鄰里甲保結收管』。從之。
〔九月庚戌〕，兵部覆經撫朝鮮邢玠、萬世德「倭奴解送華人疏」言：『用間之法，兵家不廢；下海之禁，令甲甚嚴。毛國科自稱宣諭，初無文憑；既解至閩，應聽審明真偽，酌議功罪。仍如經臣言，備訊海水情形，明白具奏。奸商高光國等航海牟利，宜從重究，以懲生事』。從之。
〔十二月甲戌〕，兵部題：『會審閩撫所解毛國科吐稱：初入倭營，奉經理之檄文；今歸本土，齋倭將之書器。或者進兵時經理撫臣奉揚天討，先禮後兵，振軍聲以褫倭魄不可知。然所持檄文止一抄白，既無印信可憑，又無年月足據；其言曷敢輕信。惟是倭書之中誘以和平、要以通商，為謀甚狡；除書器進納外，國科宜仍送經、撫兩臣備查真偽，具奏定奪。其沿海省直，移文督、撫嚴禁姦商闌出，以防窺伺勾引。並咨朝鮮國王堤備釜山一帶，母令狡奴復覘，隳天朝恢復之功、貽彼國淪覆之患』。允之。
·〔萬曆二十九年七月庚戌〕，以勘明閩海擒倭功次，命巡撫金學曾及時起用、張鼎思等賞銀有差。
〔十一月己酉〕，命兵科給事中洪瞻祖、行人王士楨冊封琉球國王。先是，琉球國王尚永薨，世子尚寧奏請襲爵；乃援據「會典」，請以文臣冊封，上既許之矣。浙江巡撫劉元霖報獲夷船，稱係琉球差探封貢聲信者，其中雜真倭數人，衣笠、刀仗皆係倭物；會同館譯問長史蔡奎，奎不能辨也。禮部言：『海上聲息，未知有無。冊使之遣，關國體甚重；行止遲速，一惟聖裁』！上以既遣二臣、又以盤獲夷船聲息未定，待該國質審回奏、海上寧息，方命渡海行禮。
十二月甲子朔，朝鮮國王李昖奏：對馬島倭求款。先是，朝鮮人俞進得等自日本脫歸，言倭酋平秀吉將死，令其將家康領東北三十三州、輝元領西南三十三州，協輔其幼子秀賴。倭將景勝據關東以叛，家康悉兵往擊景勝；輝元與行長等諸將入大坂城，合力拒家康。家康攻破輝元，盡誅行長等諸將。倭國內亂，對馬島主平義智及其將平調信悉遣降人還朝鮮，遺書乞和，且陽言家康將運糧十八萬石為軍興費以脅朝鮮。朝鮮與對馬島一水相望，對馬島地並山岡不產五穀，資食米於朝鮮；兵興後絕開市，百計脅款。秀吉死，我師盡撤；朝鮮畏倭滋甚，其與倭通款久矣；又懼以通倭開罪為我也，使陪臣來請命。兵部言：『倭與朝鮮款事，未可懸斷。總督萬世德熟知倭情、職在經略，宜令酌議以聞』。從之。
·〔萬曆三十年三月癸酉〕，倭奴之兩遣橘智正脅款於朝鮮也，總督萬世德有「不過對馬一島尋盟請成，非關日本復仇雪恥」之議。兵科給事中孫善繼駁之，言『此實疇昔之故智，固不可以區區一島之倭而易視者。設中國以此緩朝鮮，朝鮮復以此自緩，恐互相推諉、坐失事機，其究必至於兩誤。宜責成該國自謀自強，勿得藉口請裁，往返瀆奏！至今沿海地方——天津以至閩、廣綿亙萬有餘里，彼何處不可犯，我何一之可恃？所應先事戒備以外警門庭、內護堂奧』。兵部覆議：『在朝鮮，惟當計講款之可、不可，而不當計中國之許、不許；在中國，惟當問防海之備、不備，而不當問朝鮮之款、不款。請移文沿海各省直撫、鎮、司、道等官時時訓練兵船、修繕險隘、整頓器械、興復屯餉及鄰近防汛地，無事則會哨分防、有事則合■〈舟宗〉協剿，仍倣各邊甄別之法，每遇兩汛完日聽撫、按分別舉刺，以憑黜陟；及行經略衙門轉行朝鮮國王鼓舞將吏誓守封疆，毋得自諉積衰，徒長戎心』。詔嘉納之。
〔四月癸卯〕，倭國王清正將被虜人王寅興等八十七名，授以船隻、資以米豆並倭書二封與通事王天祐送還中國。天祐，原莆田人；少而被虜，久住倭國，取妻生子女二人，原無歸國之意。來書復類華字跡，果否出自清正，皆不可曉。福建巡撫以其事聞，下兵部——覆議：『閩海首當日本之衝，而奸宄時構內訌之釁；自朝鮮發難挫衄而歸，圖逞之志未嘗一日忘。今跡近恭順，而其情實難憑信；與其過而信之，寧過而防之。除通事王天祐行該省撫按徑自處分、王寅興等聽發原籍安插及將倭書送內閣兵科備照外，請移文福建巡撫衙門亟整搠舟師，保固內地；仍嚴督將士偵探，不容疏懈』。上然之。
〔六月戊申〕，倭送回被虜盧朝宗等五十二名並縛南賊王仁等四名，福建撫、按以聞。下兵部——覆議：『島夷送回被虜至再，今且解南賊四名，跡似恭順矣。但夷性最狡，往往以與為取；則今日之通款，安知非曩日之狡謀！委當加意堤備，以防叵測。除盧朝宗等發回原籍安插外，請將王仁等即行處決，仍申飭將吏訓練兵船，嚴防內地；密差的當員役，遠為偵探。諸凡海防、兵食等項，悉心計處，期保萬全，毋致誤事』。報可。
〔七月〕丙戌，左都御史溫純言：『年來部臣、言官以及撫、按力陳榷採之患。……魯登科、余元俊有「懸空張網進五十萬」之奏，閻應隆、張嶷有「航海貿易進金十萬、銀三十萬」之奏。此其言真如戲劇博笑，以皇上之天聰天明，亦信以為庶幾可望。……至於閻應隆、張嶷之奏，尤為悖謬不道。臣等聞海澄市舶抽稅，高寀巳每歲得銀三萬，決不遺餘力而讓利。竊料機易山雖在海外，決無金銀成斛遍地，任人淘取之理！又料稅璫惡弁參隨諸奸之威能行於中國，決不能行於外夷。安所得金十萬、銀三十萬以報皇上，其意不過假借明旨大弛通番之厲禁。硝磺、生鐵、軍器、船隻犯禁愈重、取利愈饒者，滿載揚帆，任其所往；從此漏洩軍機、勾引諸國，其患寧止嚇詐公私、騷擾海澄一邑巳哉！昔年倭變，正緣奸民下海私通、大姓設計勒價，以致倭奴怨僨，稱兵焚劫；今以皇上之命行之，禍當更速。及至兵連禍結，彼張嶷諸奸不過曾一本、林道乾、徐明山、汪直之續耳；負島列寨，稱王犯順，近可以規重利，後不失為尉佗：於諸亡命之計得矣，如國勢何！伏望皇上留神深思，將……閻應隆、張嶷敕錦衣衛拏送臣等法司正罪，宗社幸甚』！不報。是時武弁及市井奸人莫不紛紛言利，……閻應隆奏：「福建海澄縣機易山上產金銀，備船往淘，每歲可獻金十萬兩、銀三十萬兩」……。科臣姚文蔚等、道臣金忠士、史學遷、湯兆京、溫如璋、朱吾弼等各隨事交章極言其釀禍害民；疏雖留中，然上未賞不容其切直也。
〔九月〕壬午，應天蘇松地方南匯獲夷男婦尼失由弗多等五十七名、浙江獲夷婦烏多十郎、烏石、賣多三口，同時以聞。兵部覆：『海外情形，茫乎莫測。苟涉疑似，不厭致詳；蓋多命所關外夷觀望，誠當慎重也。南匯所獲各夷，譯審三變其說；雖情偽不可盡知，而貌服、動履實類琉球。且身無寸刃，駢首就擒。浙省所獲夷婦、夷船同在一時，供吐相類。應俱填給勘合，應付口糧、腳力，差官押送福建巡撫衙門責令慣熟琉球音語通事詳加譯審：果係該國人民、別無他故，遇有便船，轉令順帶回國交割。如其中有隱情或係奸細，應否作何區處？不妨詳譯，據實奏請定奪』。報可。
·〔萬曆三十一年十一月〕甲子，福建礦稅務太監高寀以奉旨差官過海勘明機易不出金銀，因參姦民張嶷與百戶閻應隆妄奏。詔以張嶷虛誑，著內官高寀會同撫、按等官差官拏解來京，與同百戶閻應隆一併究問。
·〔萬曆三十二年五月壬申〕，兵部覆福建總兵朱文達等擒斬倭賊功次：沈奪倭船二十五隻，擒斬一百三十二名顆，奪回男婦一百七十五名口、器仗一千二百九十三件。詔實授朱文達都督僉事，僉事王左晉、徐應奎等各陞職一級，副總兵官施德政、同知陶□聖等各賞銀有差。
〔十一月丁亥〕，兵部覆福建巡撫徐學聚等奏：『紅番闖入內洋，宜設法驅回，以清海徼；勾引奸民潘秀、張嶷等，均應究處』。上曰：『紅毛番無因忽來，狡偽叵測；著嚴行拒回。呂宋，也著嚴加曉諭：毋聽奸徒煽惑，擾害商民！潘秀等，依律究處』。
〔甲辰〕，兵部題：『朝鮮國王將該國外洋二次所獲被擄人民及同船倭蠻男婦五十五名口解送中國，聽候處分。審得久石門等既稱貿易被獲，釜幕遊魂，不足以膏斧鑕。合無查照舊例，分解薊鎮、宣大、山西各軍門分發各將領收置效用。溫進等既稱華人，有言販賣下海遭劫、有言釣魚被擄；合解閩撫詳查明確，安插復業』。報可。
〔十二月〕戊午，刑部等衙門右侍郎董裕等題：『福建奸民張嶷陰懷竊叛之謀，陽獻採榷之策；黨結弁璫，釁挑蠻丑。閻應隆同肆欺罔，致呂宋酋長懷疑蓄憾，屠戮商民二萬餘。是嶷以一己之狡圖，基八閩之顯禍；萬鬼之冤未雪，千里之首宜傳』。上曰：『張嶷等無端欺誑朝廷、生釁海外，以致二萬商民盡遭屠戮；損威遺禍，死有餘辜。即行梟首，傳示該省。其呂宋番酋擅殺官民，還行與撫、按官議處，奏請定奪』。
·〔萬曆三十三年六月戊申〕，論廣東錦囊、南澳、欽州等處擒斬倭奴功次，陞總督尚書戴燿、總兵官都督僉事孟宗文各俸一級，賞銀、幣有差；按察使盛萬年、參政朱東光、參將郭酉科、黃鍾、莊渭揚、知府葉修、同知塗巍、原任參將劉宗漢、原任守備武應隆及經歷、指揮、百戶等官汪九州等各分別陞賞。倭賊慢小等九名，行督臣處決梟示。
〔七月〕戊寅，命冊封琉球兵科給事中夏子陽、行人王士楨作速渡海竣事，以彰大信；仍傳諭彼國：以後領封海上，著為定規。先是，萬曆二十三年，琉球使臣于灞等為其世子尚寧請封，撫臣許孚遠以倭氛未息，議遣使臣一員齎敕至福建省城，聽其差官面領；或遣慣海武臣，同彼國使臣前去。部覆，奉旨：『待世子表請，禮部具題遣官於福建省城頒封』。至二十八年，尚寧具表請封，其使臣長史鄭道等奏乞照舊遣官。得旨：『著選差廉勇武臣一員，同請封使臣前往行禮』。二十九年，尚寧遣使入貢，復請乞差文臣。部覆，奉旨：『遣給事中洪瞻祖、行人王士楨；待海寇寧息，渡海行禮』。繼而瞻祖以憂去，乃政命子陽——同士楨於三十一年三月齎冊入閩矣。今年三月，按臣方元彥以濱海多事、警報頻仍，偕撫臣徐學聚請仍遣武臣暫駕成舟而往；子陽、士楨亦以屬國信不可爽、使臣義當有終，乞堅成命以慰遠夷：俱不報。而禮部侍郎李廷機言：『宜斷行領封初旨，並武臣之遣而罷之』。於是御史錢桓、給事中蕭近高各具疏，力言其不可；且云：『此議當在欽命未定之先，不當在冊使既遣之後。宜行撫、按作速成造海艘，勿誤今年渡海之期。俟竣事復命，然後定為畫一之規；先之以文告，令其領封海上，永為遵守』。上從之。
〔九月〕丙子，錄閩省防汛官兵擒斬倭賊功次，故巡撫朱運昌，行禮部追卹；總兵官朱文達、副總兵施德政、原任右布政加太常寺卿致仕徐應奎、丁憂右參政俞士章、聽調副使朱汝器、同知楊一桂、原任知府陞副使程達各賞銀十兩，達仍行吏部紀錄；把總沈有容、龔守忠各賞銀六兩，仍附簿紀錄。
〔十月丙寅〕，南京吏科給事中陳嘉訓疏論拾遺候代浙江巡撫尹應元及福建巡撫徐學聚各貪婪暴橫狀，『請亟點浙江撫臣，早與交代。其徐學聚於吳建一事，官兵殺人數千，匿不以報；紅毛番之役，彼以一船來市、遠泊彭湖，一矢未加，何功可敘！乞下部院勘議施行』。不報。
·〔萬曆三十四年五月辛未〕，冊封琉球使臣兵科右給事中夏子陽等疏請戒嚴海防。報聞。
·〔萬曆三十五年四月庚戌〕，兵部覆議朝鮮與倭通好事——覆朝鮮國王李昖之疏也。倭自庚子而後，物力漸絀。平秀吉死，源家康擅政，內脅秀賴、外結高麗——數遣使往來對馬、金山間。六、七年間，齎書相望，所刷還人口不絕；朝鮮猶未與市。往歲冬，家康復遣使朝鮮，自言己代秀吉為王，盡反秀吉所為；縛送癸巳時所發王京丘墓賊，朝鮮亦茫然無辨之者。而鮮僧松雲自倭中歸，傳家康語云：「曩自平秀吉要挾朝鮮，猶以割地、求婚、質子為詞；我則不然，願兩國通好而已。往者壬辰遘釁之時，吾在關東，不與兵事；師入王京，關東將卒無一人渡海者——而相視若讎，豈不謬哉」？又刷還人口自肥前歸，多稱倭距關都三百里內築城，諸島均役，唯對馬一島以尋和獨蠲；言和事不成，則分六十六州趣半築城、趣半戰朝鮮——朝鮮亦微恫之也。然家康實自以老故薩摩州，而對馬主義智調信景直等猶為平氏，故獨以和事責；義智心急朝鮮，恐一日失朝鮮歡——而朝鮮實懦無讎報意。至是，王昖以倭情條上。兵部覆議，亦謂「相機以御、及時自固，審利害、察情實，在該國自計，難為遙度」而已——而釜山、對馬亦因是私款不絕。後三年，始畫開市之事。
〔十一月己酉〕，戶科給事中江灝劾福建稅監高寀，不報。自稅課之歸有司也，稅監坐而解額，諸爪牙無催督之權；然猶以新恩，不敢與有司為難。至是，高寀首發之；以課未歸一，恐誤上方為言。先是丙午七月，范淶為左布政，以春夏稅額彙解寀處；寀受之，無以難也——諸爪牙以督催無權，實自淶始。會淶入覲告歸，而閩撫之推未下；寀恐淶復出，遂疏詆淶及舊撫徐學聚——學聚時方候代，以卻紅番事失寀心；而寀數以二洋貿易探上意，冀朝夕得他撫，可相左右也——遂請自按月徵解，又請上速點閩撫及談諸外國方物事。上心知其姦，命有司類徵如故，方物折價而已；然猶慮彼此推諉，欲一體嚴治也。江灝乃言：『「彙解」之旨，自范淶時已行之半年；今復一年，而屢解屢拒。夫如期而不解，則該司之罪也；如期而解——解而不納，則該監之罪也。以類總責之有司、以解進責之稅監，法守既明，則何推諉之有乎』！吏科左給事中劉道隆又上疏曰：『百官賢否進退系朝政，自卿、撫以至藩、臬皆內外重臣，採自公論、斷自宸衷，雖人主不得而私喜怒焉。我朝中官干預朝政，自有常刑。皇上臨馭三十餘年，未嘗毫髮假於此輩。近以稅使差出與地方有司錢糧相關，遂使二、三狂逞者妄有參評；然亦未有借名徵收而欲遙執朝柄——弄威福如高寀今日者也。徐學聚雖去國之臣，而一日尚在地方，非高寀所得詆辱！范淶近推閩撫，廷論及之，姓名尚在御前；高寀何人，而肆弄機權，預撓聖意！……今福建地方乃東南門戶，非痛癢不關之處；按臣久缺而無代、撫臣久推而不點，姦人抵讞肆志其間。伏惟聖明留意，速下撫、按二臣，用塞讒間之門、重保障之計，以肅綱紀，貽後世利賴無窮』。疏上，亦不報。
壬子，朝鮮國王李昖以倭奴求和來告，猶前源家康所尋盟之詞也。家康自發還人戶、縛致諸賊來，無日不尋盟於鮮。至是，已瀦平秀吉之宮、遷其子秀賴於海上，意欲請命中國。兵部覆言：『倭奴狡詐異常，海外勢難遙度。為昔日者覆楚之怨，大義當申；為今日者城下之盟，目前難恃。千里提封，天朝巳挈而還之該國；則固守圖存，今又在該國事矣』——大率以偵察隄防，責成該國如前疏指。從之。
戊午，福建巡撫徐學聚以稅監高寀征解不納、又上章詆己，乃疏臚寀諸不法事，言『寀自數年以來，利盡山海，罪孽深重。諸細瑣不俱論，姑舉其著者。閩中監政引目，舊止「附海」一例；續請「依山」佐之，引悉貯司。自寀入閩，姦民林世卿導之私造南京戶部鹽引，俱稱「依山」；每封四百引，勒銀四百餘金。凡引百封，偽者過十之七；商人破家，吞聲切齒——自經死者，不獨朱家相、洪士雅等數輩而已。又以海禁不通，則方物不至；每值東西洋船，私寄數金，歸索十倍。稍不如意，則誣為漏稅；一物相溷，動費千金——拷掠之毒，怨盡骨髓。又私遣人丁四出越販，動經年歲，搜求珍異；假國用以入私橐，褻皇靈以漁外服：尤王法之所不容也。所最可異者，三十二年以撫、按並缺，令姦商潘秀等往販和蘭，勾引紅夷，詐韋麻郎銀錢三萬，許以彭湖通市——臣等奉旨拒逐；今臣已告歸，而紅夷又至，殺戮商、漁，薦窺內地，使沿海將士不得安寢者，是誰啟之乎！自寀壞海禁，而諸夷益輕中國；以故呂宋戕殺我二萬餘人，日本聲言襲雞籠、淡水：門庭騷動，皆寀之為也。惟皇上大奮乾斷，立命撤回；毋令寀肆炰烋，以中國與外夷為市』。疏入，亦不報。學聚之在閩，以卻紅夷事，原有功於閩；而獨委曲高寀，為朝論不推。蓋自高寀後，紅夷無歲不窺彭湖矣。
〔十二月己未朔〕，戶科都給事中姚文蔚劾稅監高寀。不報。
乙亥，戶部尚書趙世卿以稅使通夷、破壞海禁，宜嚴行禁絕，以遏亂萌；不報——為徐學聚劾高寀事發也。
·〔萬曆三十七年五月壬午〕，有倭船飄入閩洋小埕者，舟師追至漳港及仙崎，獲夷眾二十七人；譯系日本商夷往返異域，為風飄擱。其中有朝鮮國人，先年為倭所虜而轉賣者；次為呂宋、為西番，或鬵身為使令，或附舟歸國。福建巡撫徐學聚以聞，因言：『朝鮮，我屬國；其人民播越，宜隨方安插。西番雖非貢夷，亦非逆種。若呂宋，先年薙我商民幾至萬數，彼民似不可輕縱；惟是原無逆志，亦難深求。而日本諸夷又多婦稚，殺之無辜，放之非法；止當待以不死』。章下兵部。
〔九月辛卯〕，倭至昌國，參將劉炳文不敢擊、復匿不以報，遂至溫州麥園頭，毀兵船；抵蝦飯灣登岸，殺我兵，溫處參將王元周一無所防。詔以元周革任聽勘、炳文降調，總兵楊宗業、該道常道立各罰俸。
·〔萬曆三十八年七月辛酉〕，琉球國中山王尚寧咨遣陪臣王舅毛鳳儀、長史金應魁等急報倭儆，致緩貢期。福建巡撫陳子貞以聞，下所司議奏。許續修貢職，賞照陳奏事例減半；仍賜毛鳳儀等金織綵緞各有差。
〔八月壬寅〕，兵部覆議：『海風飄入閩境諸夷，呂宋人壹葉萬等、西番人捌襄等發赴香山，聽其去留；朝鮮人壹叁別等安置柔遠驛，以示存卹。大郎等八名本系倭種，難縱使歸；仍行巡撫衙門分置軍前，嚴為鈐束。如生心逃叛，即處以軍法』。上是之。
〔九月丁未〕，浙江巡撫高舉以沿海官軍敗倭大陳，疏敘有功官員。右參政王道顯紀錄，松海備倭把總李時英優賞；昌國備倭把總張光顯以功准罪，量賞。
〔十月〕丙戌，兵部覆議福建巡撫陳子貞海防條議七事：『一、重海道事權以資彈壓。宜遵照敕書，申明職掌：凡該省沿海寨遊營選用官兵、稽察糧餉、修造船器等務，俱申詳海道，聽其專理；仍責令汛期巡歷，汛畢方回。其巡歷廩給，有司供辦，不累衛所。一、省汰除汛兵以熟操駕。閩海汛兵減放之說，起於戚繼光；原以休息軍力、減省糧餉，法稱兩便。而踵行者乃歲為更革、人議去留；兵無常伍，將有市心。餉減無幾，軍費不貲；隳壞兵制，莫甚於此。議於水陸營間酌量裒益，餉不必增而汛兵亦可無減。如此庶可練習備變，並杜總哨勒索之奸。其兩月罷汛，糧仍應設法處制，使軍士樂從。一、覈虛冒名糧以釐夙弊。總兵官以下，酌定跟隨人數，與之更始。自後有以所用跟隨重派各營者、坐空名以寄糧者、假公用而科派者，無大小，據法題參；所侵冒月糧，仍坐贓究罪。一、清侵占屯田以復舊制。欲行清屯之法而無撓法之害，莫若就額糧之完欠而分別之。有田無軍，田必勢占；有屯無糧，屯必迷失。就中清出侵占屯地以養軍丁、以充貼駕，餉不增而兵足用，策無便於此。獨刁軍暗受勢賄，告訐蝟興；得田入手，潛復典賣：則前弊未清，後害相踵。或有司憚勞，委之佐領，其弊端尤難究詰；要在設法詳審，委任得人耳。一、禁往倭大船以絕勾引。閩人販海為生，舊俱由海澄出洋，興販東西洋諸島；偽引有禁，壓冬有禁，越境盜販有禁。然不絕其貿易之路者，要以弭其窮蹙易亂之心耳。近奸民以販日本之利倍於呂宋，夤緣所在官司擅給票引，任意開洋；高桅巨舶，絡繹倭國：將來構通接濟之害，殆不可言。今當清查由引，嚴禁壓冬，禁造違式大船；及以引餉大權俱歸海道管覈，各衙門不得徑給票引。其有依託勢要阻撓官司、不服禁捕者，撫臣繩以三尺；甚則據例參奏，治以通番引寇之罪。一、公山海利澤以安內地。山海場蕩畋漁之所取給、埠頭墟集負販之所為生，寸土皆屬公家，豪強本非世業；今將官山、官海除丈量收餉入冊年久者姑准照舊外，其未經清丈、近年告佃者，悉追還官府，與小民公共。至於豪家設立私牙抽取埠稅、擅操榷算侵牟商賈者，一裁以法』。得旨：『島夷窺伺邊海，防禦宜周；如議行』。
〔十一月戊午〕，朝鮮國王李琿遣陪臣議政府左贊成李時彥等貢方物及馬謝恩；賜宴賚如例。是日，並送回漂海人丁陳成等二十九名；仍欽賞國王銀、幣並陪臣各有差。其漂海人丁係稱福建址籍，兵部覆：『應照例解發本省軍門嚴加審鞫，果無通販情弊，即照常省發回籍；倘有隱諱別情，仍從重問擬，具奏施行』。上是之。
·〔萬曆三十九年六月〕己卯，南直隸柘林營信地獲日本夷人三名，因航海過暹羅，颶風覆舟飄至；撫、按以聞。部議：『分解陝西延、綏等處戍邊安插』。從之。
〔八月甲午〕，朝鮮國陪臣李順慶等解還中國漂海人民林潤臺等三十二名，俱莆田、仙遊人。命差官解發福建巡撫衙門嚴加鞫審：果無情弊，照常省發；倘有隱情，從重問擬具奏——仍諭申飭海防之禁。
〔十二月庚寅〕，朝鮮國奏獲民人張亨興等十七人，中有洪駝者即前細嶼島作賊船工，而亨興等以前來往海上節行細嶼島搶劫之人；且稱「水賊之擾，近年滋甚。時或捕獲，皆稱上國人民，不敢擅戮——海洋之警，曾無寧息。接年五次解來漂海人犯，甚為屬國之擾」。兵部議覆：『亂生有階，如嘉、隆間倭寇因閩、浙沿海奸徒與倭為市，而寧、紹大姓陰為主持，遂使淮、揚以南至於廣海靡不殘破。使早聽給事中夏言、撫臣朱紈之疏預防其始，則宋素卿、王直、陳冬（東）、徐海、曾一本、許恩之輩安得以中國之民而挾倭為難哉！今此輩捍罔，即遠屏以禦魑魅，情理俱當；合將張亨興等解發延綏巡撫衙門審實邊堡安插，庶奸民知儆』。從之。
·〔萬曆四十年三月辛丑〕，右給事中彭惟成疏陳時政言：『……倭夷犯順，侵我屬國，抗我王師，剽我海泊。臣聞彼得我福船價千金、烏船數百金、「批點通鑑節略」四十金、「輿記」二十金，焰硝、金鐵皆二十倍於土價，而他錦綺、器物不過數倍。此其誘我邪民、構我利器、習我舟楫、偵我虛實，勾誘呼應；而我可無衣袽之戒乎』？因言「沈有容在閩，能越海數日殲倭眾於東番，東番自是斂戢，倭亦戒不敢掠至閩且十年，皆有容之力也」。
〔六月戊辰〕，以防海功，賞浙江巡撫高舉銀、幣，陞俸一級，總兵官楊崇業、副使甯瑞鯉等有差；仍增通倭海禁六條。撫臣以盤獲通倭船犯並擒海洋劇盜奏言：『防海，以禁通倭為先。而閩、浙實利倭人重賄，遂至繩繩往來為倭輸款；嘉靖間王直等勾倭之餘烈，可鏡也。臣檄行文武官密為緝訪，亡何金齒山、定海、短沽、普陀等處屢以擒獲報至。杭之慣販日本渠魁如趙子明輩，亦併捕而置之理；纍纍多人，贓真證的。但往者通番律輕，人多易犯；乞敕法司將前項走倭者、出本者、造舟與操舟者、窩買裝運與假冒旗引者以及鄰里不舉、牙埠不首、關津港口不盤詰而縱放者並饋獻倭王人等以禮物者——他如沙埕之船當換，普陀之香當禁、船當稽，閩船之入浙者當懲，酌分首、從，辟、遣、徒、杖；著為例』。部覆「如議」以請，上是之；並諭：『新定條例與舊例並行，永為遵守；仍著撫、按官刊榜曉諭。有違犯的，依例重處，不得縱容』。
〔庚午〕，浙江總兵官楊崇業奏「偵報倭情」言：『探得日本以三千人入琉球，執中山王，遷其宗器。三十七、八兩年，疊遣貢使，實懷窺竊。近又用取對馬之故智以愚朝鮮，而全、羅、慶、尚四道半雜倭奴矣。嘉靖之季海禁大弛，遂有宋素卿、徐海曾一本、王直之徒為之禍始；今又十倍往時。宜敕海上嚴加訓練，著實舉行。至於稽查海外夷使，責在撫、道；並移咨朝鮮國王嚴禁倭奴之入全、羅、慶、尚者，一如中國之禁』。從之。
〔七月己亥〕，福建巡撫丁繼嗣奏：『琉球國夷使柏壽、陳華等執本國咨文，言王已歸國，特遣修貢。臣等竊見琉球列在藩屬固已有年，但邇來奄奄不振，被繫日本；即令縱歸，其不足為國，明矣。況在人股掌之上，寧保無陰陽其間！且今來船隻方抵海壇，突然登陸；又聞已入泉境，忽爾揚帆出海：去來倏忽，跡大可疑。今又非入貢年分，據云以「歸國」報聞；海外遼絕，歸與不歸，誰則知之！使此情果真，而貢之入境有常體，何以不服盤驗、不先報知而突入會城？貢之尚方有常物，何以突增日本等物於硫磺、馬、布之外？貢之齎進有常額，何以人伴多至百有餘名？此其情態，已非平日恭順之意；況又有倭夷為之驅哉！但彼所執有詞，不應驟阻以啟疑貳之心。宜除留正使及夷伴數名，候題請處分；餘眾量給廩餼，遣還本國。非常貢物，一併給付帶回：始足以壯天朝之體』。因言「閩中奸民視倭為金穴，走死地如騖；絕興販以杜亂萌，又今日所宜急圖」。章下禮部，覆如撫臣言。
〔八月丁卯〕，兵部言：『倭自釜山遁去，十餘年來海波不沸；然其心，未嘗一日忘中國也。三十七年三月，倭入琉球，虜其中山王以歸；四月，入我寧區牛欄，再入溫州麥園頭；五月，入對馬島，倭酋雲蘇等來致其國王源秀忠之命，欲借朝鮮之道通貢中國。三十八年閏三月，薄我寧區壇頭，又兩遣偽使覘我虛實。今四十年，琉球入貢者夾雜倭奴，不服盤驗——見於福建所報；平義智稱其國王家康，欲遣近臣入朝鮮——見於遼東所報。封豕長蛇，其釁已見。數十年來倭所垂涎者，貢耳。故既收琉球，復縱中山王歸國以為通貢之路；彼意我必不入倭之貢，而必不逆琉球之貢，或仍如三十八年納毛鳳儀、蔡堅之事。總之，倭不可不備；備非徒設，在務得其情以制禦之。蓋洪武中廖永忠曰：「倭夷竄伏海島，來如奔狼、去若驚鳥，欲請添造櫓船，沿海巡徼；倭來，則大船薄之、快船逐之」。今戰船非不具也，比聞倭奴之船更大於中國。彼時止以彼中倭船入寇，故我得以長技制倭於海洋；今反用大船薄我、快船逐我，豈非即我之姦民所以市倭者耶？將領非不具也，白馬島之役，我眾賊寡，未聞有出而戮賊者；麥園頭之敗，我將方被酒臥帳中，諸軍亦離次失伍去其汛地，賊遂薄我：殺掠之慘，即罪一、二將鎮，何救於事！所在沿海撫、道、鎮將湔此宿弊，查虛冒、習水戰、嚴軍律；而又委任得人，移駐海上，躬自簡閱而勸懲行焉：庶其少有濟乎！倭之桀驁似虜，而狡詐過之；閩中貢夷，必有倭之梟雄渠魁潛匿其間者。因形知情、因情知事，不測之緘固已在此，勿問異日矣。福建軍門應遣熟知夷情者入海詗探中山歸國否；如中山王仍有其國，則二百年之封貢，猶知戴我。如制其國中者倭也，則閩乃與浙東寧區、定海、舟山、昌國等耳；我之備倭，當又有處矣。若平義智之書，其情似不盡具於書；然固朝鮮之一大利害也。竊意倭使來，必以其眾至朝鮮；邊臣必不能止其眾於外而獨以一、二使者入，入則朝鮮之禍可立至矣。若復據事凌逼——有如咨中所言，即朝鮮之釁以亂朝鮮，因以脅其君臣而震以必從之勢，且以朝鮮離攜於我，可一折而入於倭，倭又豈必在舟楫之間角干戈之勝哉；則固東事之隱憂也。今應明諭朝鮮君臣控守南鄙，一以自強為主；即有倭使，第令邊臣嚴兵待於境上，勿延入境。仍聽遼鎮撫臣選差曉機宜者往彼國密探情形，果否已在王京？果否人事修舉？所據事凌逼何狀？故曰「務得其情以制禦之」也。今通倭之民所以屢禁而不可止，何也？蓋禁通倭，必漁者、賈者及市糴者一切禁絕而後可；然民之生命在斯，其勢不能禁絕，則通倭之船已出矣。雖然，使撫、道有司精力辦此，不難也。蓋通倭之船可以欺公府，不可以欺鄉曲；設私造之禁、行連坐之法，則固已禁矣。然海上姦民飄大洋而出者不止一處，莫便於越。至以通番為固然，習者不怪、禁者無所施，尤莫甚於閩；不惟通倭，兼通呂宋諸國。獨呂宋人狡不如倭，故猶無大患耳。不然，令生於內地者不能守其故土，已觸禁而不返者既堅其戴倭之心、未觸禁而思逸者又不能止其入倭之勢，必有不可收拾者』。俱依擬行，仍命地方官用心料理，不得怠玩；並行與朝鮮一體備禦。大約倭奴之襲朝鮮、琉球者，乃關白時事；而尋常入寧區牛欄、溫（州）麥園頭等處皆中國之奸民購倭中之亡賴者剽掠海澨，未嘗稟仰其國王而敢狡焉大舉也。通貢之說，有之；乃稅使未撤時，閩人實誘之欲交通稅使於閩開市；自撤後，其謀已寢矣。所稱海上倭船與我國唬船等，視大東船小甚；然亦無巡船也。自以裁減取名，盡失前人規制；而兵與船皆虛弱敗壞，無濟緩急：寧待將帥玩愒、士卒離次而後可憂耶！至通倭，則南直隸由太倉等處以貨相貿易，取道浙路而去；而通倭之人，皆閩人也。合福、興、泉、漳共數萬計，無論不能禁——法能禁之，則數萬人皆倭，而禍立中於閩。此其故，難言之矣。若呂宋諸國，即成祖時三寶下西洋處也；倭在東，絕不相蒙。其島眇小，無逆形；閩歲給文往者船凡四十艘，輸軍餉四萬兩，而地方收其利：不必與倭並論也。
〔九月戊戌〕，兵部覆兩廣總督張鳴岡條防海五議：『一、虎頭倭寇出沒居水陸衝，欽把不足捍禦，致有先年倭犯；應移總兵扎鎮。一、澳夷狡猾叵測，宜將虎頭欽總改扎鷹兒浦；仍於塘基灣等處壘石為關，守以甲士四百人，餘兵棋布緝援。一、舊營、雍陌、香山、濠鏡間各五十里，議掣都司、海道兵足以四百，選將肄武、更班守汛，與欽總所轄各兵營用以戍。一、嚴防住牧內地佛、良諸夷，仍申市禁；否則，絕之。一、添廣州東、西、中三總哨，裏海把總俾有統屬責成，而任以謀勇武科』。俱依議行。
〔十一月壬寅，大學士葉〕向高（又）言：『蒙發擬福建巡撫丁繼嗣一本「為琉球封貢事」，此本已經部覆，催請未發。臣聞琉球已為倭併，其來貢者半系倭人，所貢盔甲等亦系倭物；蓋欲假此窺伺中國，心甚叵測。巡撫疏中言倭將明檄琉球，挾其代請互市。又閩、浙亡命郭安國亦寄書其家，語多狂悖；不敢上聞，而抄以寄臣。東南之事，甚為可憂！乃夷使又未奉旨發遣，羈留日久；非但窺見內地之虛實，且將謂朝廷百事遲延、奏請不報，益長其驕傲之心、速其猖狂之舉。今北虜未寧、四川又在告急，加以東南再有倭警，轉餉、募兵將大騷動；在在空虛，何以應之！伏望聖明即賜批發』。
〔乙巳〕，禮部覆福建巡撫丁繼嗣奏，謂『琉球情形叵測，宜絕之便。但彼名為進貢，而我遽阻回，則彼得為辭，恐非柔遠之體。請諭彼國新經殘破，當厚自繕聚；候十年之後物力稍充，然後復修貢職未晚。見今貢物，著巡撫衙門查系倭產者，悉攜歸國；系出若國者，姑准收解。其來貢國人，照舊給賞，即便回國；不必入朝，以省跋涉勞苦』。得旨：『這琉球入貢事情，准照部議行。其一應海防事宜，俱著地方官悉心料理，毋致疏虞』！
〔閏十一月甲戌〕，兵部題：『朝鮮奏解王秀等八十一人，供系自浙而閩販貨遭風；然王秀等六十三名何以復畏罪逃脫！請將見在褚國臣等十八名解浙江巡撫衙門嚴鞫發落；其沈文私記日本程途、倭將名色，一併問擬具奏。在逃人犯，通行內外衙門嚴緝正法』。從之。
〔十二月庚寅朔〕，兵部題：『販海之禁，屢經申飭；不意猶有如李文美等公行無忌！跡其盤驗，雖非通倭之貨；但脫逃可疑，應行原籍衙門拘審。仍通行所屬沿海軍衛有司禁戢軍兵，不許私出大洋興販通倭，致啟釁端』。從之。
乙巳，兵部題覆福建巡撫丁繼嗣、巡按陸夢祖奏：『擒獲通倭蔡欽、陳思蘭等，乞宸斷處治，亟正重典以彰國法』。並申嚴海禁：「一、責成澳甲；二、責成縣官；三、責成官兵；四、責成各道」。上是之，仍命依議著實行；有違玩的，查參重治。
〔壬子〕，兵部（又）題：『春汛可虞，海防宜急。請敕南直、浙江、福建巡撫衙門，遇春防，移駐海上；將各分信地兵將、火器、戰艦、器械及堵禦、策應、哨探方略逐一開報，限三月內到部。防汛畢，查核功罪具奏，覆請定奪』。……是之。
·〔萬曆四十一年二月丁未〕，巡撫福建右僉都御史丁繼嗣疏陳防海七事：『一、擇用水將。副、參、遊擊等官員缺，必查其曾歷海上或長海濱，方與填補。有人地相宜者，不妨就近遷轉，久任責成。一、督造戰艦。冬汛畢日，各預先團造，以備春汛之用；春汛後，均再修造，以備輪流兌換之用。道臣不時至廠，一一驗視；果系堅固，委官即與薦舉紀錄，以酬其勞。一、調守要區。松山系自浙入福之門戶，防禦尤宜加嚴。嘉、隆間，倭奴入犯，曾撥船兵一哨於山；久而舟師罕至，慮有海寇乘間而起。宜挑選精兵汛守此山，賊不能飛渡。一、移防險塞。三江口系閩中要地，而劉澳去三江不遠；一厄此澳，則三江之捍衛益嚴、興化之門庭益固。一、改設客兵。海澄界在漳、泉往來通番之地，往往有島夷巨寇竊發於此。舊設團練機兵皆系土著，而豪右因有掛名糜餉者。宜改土易浙——而浙餉故厚，宜以浙之餉例給之，寧減勿增餉；分水陸三哨，水又分為四舟，募慣海者充之：餉不議加而兵有實用。一、團造藥器。器械與火藥雖歲歲造作，然器械多以白鐵抵銅、火藥多以沙土搭入；臨時取用，百不當一。宜專委都司一員日坐局中，逐項簡察，道、府官仍不時親詣勘驗；必求精緻，以圖實用。一、建復土堡。泉州安溪等處居民，自築土堡營壘堅固；無事可以儲蓄，有警可以藏避。宜檄行各縣曉諭軍民，多置土堡。倘有外侮，彼此相援：真閩海久長之計也』。下部——議可，悉允行之。
〔六月庚戌〕，總督兩廣兵部左侍郎張鳴岡言：『粵與閩、浙同一防倭也，而浙未嘗與夷市、閩市有往無來，彼瞭海上雙鳧亂飛，皆灣弧向之，無敢闖入；乃粵則與諸夷互市，而「謝絕」之難。市則夾帶，倭、夷雜處；而「辨別」之難。澳夷盤據內地，近且匿養倭奴以為牙爪；則「驅逐」之難。閩、廣奸人竄入澳中，搬唆教誘；則「堤防」之難。至近日白艚盛行：在閩者以販米為名，拒之則病鄰，而不拒則交通百出；在粵者以貿易為名，禁之則阻絕生理，而不禁則通澳、通倭——弊不勝究、法不勝設。然為地方弭隱憂，則必嚴禁曲防，毋姑息養亂之為得也』。章下所司——覆議，從之。
〔十月乙酉朔〕，浙江嘉興縣民陳仰川、杭州蕭府、楊志學等百餘人潛通日本貿易財利，為劉河總練楊國江所獲；巡按直隸御史薛貞覈狀以聞，因請申飭越販之禁：『一、巨海風浪，惟雙桅沙船可恃無恐。自嘉靖年被倭後，嚴禁寸板不許下海；後因鹽課失額，稍容濱灶小船樵捕補課。今直隸、浙江勢豪之家私造雙桅沙船伺風越販，宜盡數查出，不許違禁出海；則通倭無具，私販者無所施其計矣。一、江南與浙之定海、楚門、石塘、石浦、馬墓等處、江北之通州、如皋、泰州、海門等處互相往來，是在一體禁戢，使浙江之船不得越定海而抵直隸、江北之船不得越江北而走浙江，則通倭無路而鄰國不至為壑矣』。下部議可，從之。
·〔萬曆四十二年五月辛酉〕，先是，朝鮮國王李琿報稱：『馬島倭，年來仍乞通市，屢要添舡。倚挾日本，藉稱關白遣臣要到王京親納禮物，受賞開市；間以琉球被滅、薩摩兵強誇詡，顯示陵逼之意』。兵部覆奏；上諭：『該國君臣，著加意振刷，預備戰守。沿海地方，便申飭督、撫等官倍加防禦，嚴禁交通；毋得因循貽患』！
壬戌，福建稅監高寀播惡無忌，私造通倭雙柁海舡，置辦貿倭貨物數十萬金，一切價值分毫不與；小民賠累，怨憤激變。寀怒，麾兵持刀亂砍，殺傷多命；舉放火箭，燒燬民房；突入巡撫衙門，露刃脅制；復劫道、府、都司等官，質於署中：兇悖猖狂。撫按袁一驥、徐鑒疏聞，大學士葉向高、方從哲及給事中姚永濟、郭尚賓先後參論，不報。
〔十一月辛酉〕，時朝鮮（又）奏解胡敬等四十二名航海遭風，漂流屬國。兵部覆議：『下海之罪，已無所逃；作奸之情，未見的據。應解發該省軍門嚴加根究，以儆詐偽』。詔如議行。
〔丙寅〕，兵部題覆：『麥園頭之失事也，賊不過海外失風、偶爾飄至，非必蓄意犯順者——而兵怯將懦，初至昌國，而劉炳文匿不報矣；繼越臺海近溫區，而參將王元周、遊擊王明翼、陳夢斗若罔聞知矣；繼抵麥園頭，而張惟智且率兵陳耀、林雲、董期等乘舟而遯，陳師武又坐不救矣。問誰統張惟智？則劉鎧也；誰守蝦飯灣？則陳希道也；誰當禦之於水而不令縱之於陸？則安光世也。先該浙江撫、按高舉等題參，本部覆奉欽依，行令按臣勘問。今據勘問明白，除劉炳文已經參題降用外，合將陳耀、林雲俱以臨陣先逃應斬，劉鎧、安光世、陳希道應戍，王元周等以下永錮、杖贖有差；仍著為令，以重偵探之法』。依擬。
〔十二月〕乙未，總督兩廣軍務巡撫廣東地方兵部右侍郎兼右僉都御史張鳴岡疏言：『粵東之有澳夷，猶疽之在背也；澳之有倭奴，猶虎之傅翼也。萬曆三十三年私築牆垣，官兵詰問，輒被倭抗殺，竟莫誰何！今此倭不下百餘名，兼之畜養年深，業有妻子、廬舍；一旦搜逐，倘有反戈相向，豈無他虞！乃今不亡一矢，逐名取船押送出境；數十年澳中之患不崇朝而袪除，皆我國家靈長之福、皇上赫濯之威坐而致之耳。惟倭奴去矣，而澳夷尚留。議者有謂必盡驅逐，須大兵臨之，以弭外憂；有謂濠境內地不容盤據，照舊移出浪白外洋就船貿易，以消內患。據稱濠境地在香山，官兵環海而守；彼日食所需，咸仰給於我。一懷異志，我即斷其咽喉；無事血刃，自可制其死命。若臨以大兵，釁不□開。即使移出浪白，而瀚海茫茫渺無涯涘，船無定處；番船往來何從盤詰、姦徒接濟何從堵截？勾倭釀釁，莫能問矣！何如加意申飭，明禁內不許一奸闌出、外不許一倭闌入；毋生事、毋弛防，亦可保無他虞。若以為非我族類，終為禍階；不貴夷人不挺而去之，無使滋蔓：此在廟廊之上斷而行之』。……旨：『俱下部議』。
·〔萬曆四十三年三月〕乙卯，福建巡撫袁一驥奏：『琉球違四十年題准「十年一貢」之限，既以四十一年修貢，復於去冬十一月遣貢使蔡堅等來。其所進硫磺、馬匹，已經多官驗詳無弊；且云航海波濤，情甚可憫！但臣敬遵成命，勒令歸國；又行司道量為周卹，以仰體朝廷柔遠之仁』。
〔丙辰〕，時有漂海人丁韓江等九十四名自朝鮮解還者，迨入關而逃亡六十五名。兵部議：『脫逃雖由解役陳一本之懈玩，然以九十餘犯而都司李國楹止以二役押解，疏可知矣。請將韓江等二十九名解發浙江巡撫衙門嚴行審問，是否販貨遭風、有無通倭情弊？作何問擬。脫逃林溪等，行原籍衙門嚴限緝獲正法。其都司李國楹與解役陳一本等，行遼東巡按御史嚴行查勘究罪』。
〔十一月〕己亥，刑科給事中姜性自閩差還，疏陳閩事有言：『閩自巡撫金學曾奮三捷以應東師，倭不敢窺；閩獨無禁，通倭者實繁。今倭又收琉球矣——琉球歸命中國，無歲不來；茲欽限「十年一貢」——貢以十年，則衣物無資，是驅之倭也。說者謂「十年一貢」以守明旨，其他歲宜令市易海上，以示羈縻；貢則許入內地，市則定於小埕地方：此倭患之當議者。閩之有鹽轉運司久矣；但查閩課二萬二千有奇，非若淮、浙、長蘆之有五、六十萬也。既設一運司矣，又一運同、一運副、一運判，又佐以經歷、知事，摩肩接踵，止為此區區課額。昔人謂「省事不如省官」，曷不仿四川及廣東事例，改設提舉：此轉運之當議也』。
·〔萬曆四十四年六月〕乙卯，琉球國中山王尚寧遣通事蔡廛來言：邇聞倭寇各島造戰船五百餘隻，欲協取雞籠山；恐其流突中國、為害閩海，故特移咨奏報。巡撫福建右副都御史黃承玄以聞，謂『雞籠逼我東部，距汛地僅數更水程；苦得此，益旁收東番諸山以固其巢穴，然後蹈瑕伺間，惟所欲為：指臺、礵以犯福寧，則閩之上游危；越東湧以趨五虎，則閩之門戶危；薄彭湖以瞰漳、泉，則閩之內地危。非惟八閩患之，恐兩浙未得安枕也。若夫琉球之告，有謂借以相恐喝者，有謂假以溫貢道者；又有謂中山不能自專，直狡倭遣以探我虛實者。臣不能逆睹，但乞早為之備耳』。疏下兵部。
〔八月〕癸亥，福建巡撫黃承玄上海防事宜八款：一、飭寨遊以定經制；二、設標遊以備策應；三、重要防以杜窺伺；四、修戰艦以裕折衝；五、卹水兵以起凋敝；六、嚴巡督以鼓偷惰；七、廣軍儲以備不虞；八、議征軍以收實用。因言『勢有當變，不敢慕安靜之名以聽因循；費有當增，不敢慕節省之名以聽苟簡。然改設者第裒益於原額多寡之中，不煩另處；即添設者亦通融於本年撙節之內，無事他求：此實事之可行者』。不報。
〔十一月癸酉〕，兵部署部事左侍郎魏養蒙覆浙江道將禦倭功罪。先是，巡撫浙江右僉都御史劉一焜奏略謂：倭以大小船二隻犯寧區海洋，一戰乘風而去。其犯大陳山姆嶴，亦二船耳；把總童養初領四十餘船，雖互有殺傷而丑類未殲也。及倭自寧、臺追逐出洋，畢集於溫——大船六、小船二十餘，夜懸燈鼓以過南麂；我兵連■〈舟宗〉死戰，繼以火攻而反自焚——即哨官翟有慶焦頭爛額捕盜、王宗岳扶傷割級，何救於失事哉！三盤聞南麂之急，橫海赴援；倭以馬快船直搗其虛，游兵游擊尹啟易等衝鋒掎角，頗有斬獲——而官軍之陣亡者、重傷者亦略相當，倭船竟遯深洋矣。蓋倭以五月初一日入，以二十一日遯：此三區外洋禦敵之情形而各總哨功罪之定案也。於是兵部疏言：『浙地濱海，所在防倭；溫、臺、寧三區，俱屬要衝。雞籠、淡水二島正對南麂，尤當日夕戒嚴者。第自麥園頭入犯之後，已逾七載；地方苟幸無事，武備漸弛。今倭船分犯，狡謀叵測。賴當事諸臣嚴加策勵，在寧區，則夾擊於五罩；在臺區，則攻圍於大陳；在溫區，則兩犯南麂、一戰三盤：始而兵夷舟熸，罔能取勝；繼幸鳥驚魚駭，聊且旋師。總之，一倭不入內地，固諸臣籌畫、捍禦之多方；而數戰仍縱惰歸，實各將智愚、勇怯之異致。松海把總董養初，宜罰俸半年；金羅把總李耀祖，宜革任回衛。其道將等官應否敘錄？行巡按御史覈實具奏』。從之。
·萬曆四十五年八月癸巳朔，巡按福建監察御史李凌雲奏稱：『本年四月十九日，有臺山遊兵船一隻送回董伯起，隨為官兵阻於黃岐。海道副使韓仲雍馳至小埕，召倭目明石道友、通事高子美等譯審之。其長岐一島——彼名為肥前州，島酋村山等安——我呼為桃員者，近受武藏總攝之命，監主市易、交關唐人者也。明石道友，乃領其倭出販，渠率而正木矢次衙門——實等安親隨典計之僕，其一人柴田勝左衛門則船中頭目也。因問其何故侵擾雞籠、淡水？向故謀據北港？何故擅掠內地與挾去伯起、復送還伯起及侵奪琉球等事？俱以甘言對。道臣因諭以「所經浙境，乃天朝之首藩也。迆南而為臺山、為礵山、為東湧、為烏坵、為彭湖，皆我閩門庭之內，豈容汝涉一跡！此外，溟渤華夷所共，窮兵芟薙，漢過不先。但汝為飄風所引，暫時依泊，不許無故登岸；或為曠日所誤，望山取汲，不許作意淹留。我兵各有信地，防禦驅逐，自難弛縱，汝所過之處明聲稟而速揚去可矣」。明石等復自請歸島之日，啟知國主查實先犯料羅、續犯大金之人如系何島商倭，則戮之國中；如系唐人撥置，則差倭縛送於境上：以表效順。道臣諭以「使命往來，既非疆吏所得擅議；且本省奏聞發落，尚延時日。汝船經由港澳，或招猜釁。今汝國中一動一靜，我院、道、鎮、參悉見悉聞；果能不食斯言，自是汝國長利也」。旋又諭以「上年疏球之報，謂汝欲窺占東番北港，傳豈盡妄？但天朝因汝先年有交通胡惟庸、擅殺宋素卿輩與誤信汪五峰輩頻年入寇，近復有平秀吉侵擾高麗諸事，懸示通倭禁例益嚴。其實每歲引販呂宋者一十六船，此等唐貨豈盡呂宋小夷自買而自用之乎！又各遠嶼窮棍挾微貲、涉大洋，走死騖利於汝地者，弘綱闊目，尚未盡絕。汝若戀住東番，則我寸板不許下海、寸絲難以過番，兵交之利鈍未分，市販之得喪可睹矣」。明石道友等各指天拱手，連稱「不敢」！道臣隨差官押送定海所而去。該撫臣黃承玄看得閩海多事，正在戒嚴，乃有倭目送歸挾虜之報；其言頗甘，其來亦似乎有名。惟是狡夷變詐，原自難測。無論表文書詞，種種舛謬；且大金、料羅之氛未遠，而款關效順之使突來，果可遽信其輸誠乎！計惟量為撫卹，以昭綏懷之仁；仍即謝遣，以杜窺伺之隙。在彼為誠為偽，不足深較；在我保疆固圉，自難暫弛也』。章下所司。
〔丙申〕，巡撫福建右副都御史黃承玄疏奏：『倭夷奉書歸擄一事，言往者家康匪茹，狡馬有窺我南鄙之心；而長岐之酋曰等安——即桃員者以他事得罪家康之滅之也，乃力請取東番以自贖；是以去夏東湧之警，而等安次子實來。會我汛事戒嚴，弗克逞志於我；播越離逿，不知所止。等安乃復繕舟厲兵，索其子於我境上，是以去冬有大金之入。至今日之局，又稍變矣：家康物故，其子代之，欲有事於東番；而國人未附，且恐中國之議其後也，於是內逆外順、乍翕乍張，此方搖尾款關，彼復張牙肆毒。即謂先後合謀，或未必然；要其出於一島之人，則彼已直任無辭者：又安得盡信夷使之口而終保其無他哉！惟是鱗介異類，毋足深求。今於其伺我疆場者擒而芟之，使知吾天威之嚴；於其就我戎索者姑卹而遣之，使知吾皇仁之大。至其通好之說，斷不可稍假借以開異日無窮之禍也』。是日，巡撫福建右副都御史黃承玄復奏：『五月十一日，東沙外洋有倭船三隻為風所破，倭賊二百餘人棲泊本山修■〈舟華〉劫搶。巡海道韓仲雍同兵備道卜履吉、參將沈有容行北中南三路及伍防館合勢仰攻，十六日早遙見大烏船一隻、小漁船二只從遠洋來——是伊同宗倭賊前來接濟者；我兵奮擊，三船立沈。倭賊投溺、就縛，水標所部解獻生倭大頭目三名、眾倭三十名，總旗標下所部解獻生倭一十二名，巡福寧道標下所部解獻生倭二十二名；各獲盔甲、刀銃、倭器充斥，復救回被虜漁民二十二人：則獲罪我閩之定案也。及臺州東、西機捕盜余千軍民兵十一名，因稱原三船中一大烏船即殺伊兵一十八人，重傷、放去各七人——而脅駕以來者：則獲罪彼浙之確證也。又分巡福寧道右布政使黃琮報：把總何承亮追倭極東外洋，圍襲倭船一隻，撈斬二級、擒縛二十二名、救獲被虜四名。見獲桃煙門等六十七名，皆長島倭也。因酋長等安遣其子秋安謀犯雞籠、淡水屢失利，不敢歸島；復遣桃煙門等覓之。隨以未獲，住泊五島。至今年四月，駕至浙臺地方，衝過彼寨，兵船打破；旋奪大船一隻，又於海門東、西機與餘千等衝敵，殺死伊兵一十八人，拏獲千等一十一人；復搶大船一隻，歷韭山、牛欄磯、南麂、白犬澳等處搶擄漁戶，往來劫掠。適遇颶所擊，搭寮修■〈舟華〉，遂為我兵擒獲。是役也，鎮臣提衡於水，道臣運策於中；司府館州諸臣協贊其謀，路標寨遊將領畢效其力。至於捐資募士、選銳衝鋒，則署分巡道之勞績獨先；設謀制勝、料敵出奇，則水標參將之全功最著』。奏至，俱下所司。
〔九月丙戌〕，浙江巡撫劉一焜題寧區五爪湖外洋、壇頭外洋、臺區稻桿外洋、漁山下洋等處倭船突犯被官軍擒斬功次，總兵王良相等、道府楊一葵等應分別敘錄。章下兵部。
〔十月庚戌〕，朝鮮國王李琿因本年正月對馬島主平義成差倭橘智正賫日本國王源秀忠書——欲迎信使以通鄰好及刷還朝鮮被虜人，具疏以聞；言『自往年以來，對馬島主平義智等節次來款；以承受家康指教，要請通好為言。該曹及邊臣輒以海上大小事情例該逐一具報天朝，今此信使一款尤難輕議，用是推諉累年。茲者忠秀承藉家康餘烈，必欲邀得本國信使，乃以此事專責於馬島；而平義成以乳臭小兒嗣襲島主之任，惟恐所幹不成，獲罪於日本。今若一意撝斥，終示見絕；則彼乃無聊，轉成讎恨。又薩摩州被虜人三萬七百餘名善習鳥銃、槍刀之勢，皆願刷還；數年之間，請使日急。概其本情，似是借重誇詡；而其間狡猾，抑或難測耳』。總督薛三才亦稱：『被虜三萬七百餘名——習鳥銃、槍刀之勢皆願刷還，此朝鮮之利而非日本之利明甚。倭奴肯一一送還否？安知不以此為通市之餌乎！今既欲因便報答以示羈縻之意，似亦一時權宜；但不宜令其源源而來以窺朝鮮之虛實，復釀曩時平壤之禍胎也』。事下兵部，覆俱如督臣議；言『倭奴譎詐變幻，眈眈未已；其不以一信使往來之故，遂堅睦鄰之約而寢啟疆之謀明矣。據議遣使報答修好之名似難峻絕，要挾之意尤難信憑。朝廷軫卹藩方，計難遙度於海外；亦惟申儆該國斟酌機宜，自畫長便』。上是之。
·〔萬曆四十六年五月戊戌〕，初，四月間有倭船一艘在浙稻稈亭外殺傷民兵，哨官陸大忠、季時衡率各哨攻之，奪其一船，倭始遁去。既而福建參將俞咨皋亦差船截擊，遂火其船，倭死無數。於是浙江御史乞照例優賞有功官兵並卹亡陣亡軍士。從之。
〔八月壬午〕，朝鮮國王李琿發還漂海人丁。時福建商民薛萬春等四十一人浮海商販，於七月十九日在福建沙埕洋中遇風，以七月二十七日晡漂至朝鮮。國王資給遣還，具本奏知。上命解發福建巡撫衙門審無通販情弊，即便省發。
〔九月丙戌朔〕，兵部題：『朝鮮國釜山鎮水軍僉節制使吳大男呈：「去年十二月間本國差役自日本同馬島倭子橘智正帶刷還被虜人口三百二十一名回來，說日本國王源秀忠承藉其父家康餘業，欲得本國信使；及言剿殺秀賴，為小邦滅讎等情。拒之，恐成讎恨，因依前差送員役之例報答。隨據回役稱：會同橘倭前到馬島，〔島〕主平義成等備船引路，渡三大海，見秀忠。因探得乙卯五月家康率兵三十萬攻秀賴於大坂，秀賴兵敗，入保內城；家康鑿地通道，從中放火，秀賴及將士燒死無數。是後盡以所親分據要地，易置諸將。及倭來京之時，自提關東兵十餘萬據住伏見城池，而又令六十六州倭將領所部來會。但秀忠懷疑慮，諸將亦不自安，尚未定關白位號。並將見聞申奏」。該部議：朝鮮與倭僅隔一水，律以「與國」之誼，釋舊怨而修新好，豈非至計。但倭奴詭譎叵測，當秀賴新滅、位號未定，頻請信使以相誇詡；若其往來頻數，乘我不備，俱未可知。茲據該國疏稱遣使報答，彼國歡順；但被虜原稱三萬七百餘名，今刷還者才三百二十一名，即此便見倭好難憑，所探事情果否是的？但已通好，勢難拒絕；惟是外示羈縻、內嚴備禦，則該國君臣事耳。況邇來該國協力討賊，內或空虛；安知倭不旁睨而生心！合候命下移咨該國：務要愈加堤防，毋使島夷通使頻煩，得窺虛實；亦毋任奴酋潛通聲息，至為響應：庶氛祲消而箕封可固』。從之。
·〔萬曆四十七年五月戊戌〕，福建漳州奸民李新——僭號弘武老及海寇袁八老等率其黨千餘人流劫焚燬，勢甚猖獗；巡撫王士昌檄副將紀元憲、沈有容等率官兵討平之。
·〔萬曆四十八年四月戊辰〕，巡撫福建王士昌舉中路參將張嘉策剿寇有功，以地方保留，奏乞加銜久任。部覆，上從之。
〔辛未〕，巡按廣東王命璿奏：『粵海逋寇許彬老、鍾大番、余三老等系袁進餘黨，出沒海島，嘯聚剽掠，跳梁於白沙、虎門、廣海、蓮頭之間，商民受其荼毒；業經督臣申飭兵將偵捕於海之東西。其擒賊有功及碣石失利官員，應敘賚、罰治有差』。下兵部。